在中国史上，清朝当之无愧的可以成为拥有领土颇为广泛的王朝，乾隆朝在维护和统一国家主权领域做出了突出贡献，加强了对边疆的管辖。
乾隆任用张广泗，采用了安抚为主，征讨为辅的手段很快平息了古州、台洪苗疆的叛乱。他谨慎地选取苗疆的官员，又减免了苗疆的赋税、充分尊重的苗疆的风俗、屯田等、减轻苗疆百姓对清朝的不满情绪。众所周知瞻对之战是乾隆在位期间的首次军事活动。瞻对处于现在四川省甘孜新龙县附近，瞻对人民英勇强悍，时常进行窃夺的行为，扰乱居民。乾隆刚称帝，乾隆便下旨对其征伐，经过一年苦战，清军胜利。后来引发了第一次金川之役。乾隆十二年（1747年），乾隆帝镇压了位于中国的西南部大金川土司莎罗奔引起的骚乱，称作“一平金川”。
乾隆三十六年（1771 年），乾隆帝再次镇压了大小金川引发的骚乱，称作“二平金川”。
在乾隆执政期的军事行动中“两平金川”所消耗的人力和物力是最多的，虽然平定的过程不如人意，但结果是成功的，尤其对“改土归流”起到了巩固的作用。保卫了我国的领土、大力推动了西南地区的发展和西南各民族之间的融合。乾隆十五年（1750 年），藏王珠尔墨特因叛乱谋反被在藏族的大臣傅清与拉布敦处于死刑，其残留的党羽意图谋害在藏区的官员，乾隆皇帝下令让策楞带领八千士兵去藏族平反。发生叛乱后的第二年双方签署了《西藏善后章程》，明确了达赖喇嘛作为政治宗教一体的象征与驻藏使臣一同治理西藏的机制。
乾隆五十三年（1788 年）和乾隆五十七年（1792 年），乾隆帝两次举兵防止廓尔喀攻打西藏。乾隆五十三年（1788 年），廓尔喀攻打西藏，康安领导下的军队战胜了廓尔喀军，并且一直攻打到廓尔喀的国都阳布，最终廓尔喀不得已停止战争，与清朝和解。
乾隆五十七年（1792 年），廓尔喀贼心不死再次发动对西藏的攻击，乾隆帝再次镇压廓尔喀时，大将军福康安带领八旗作战勇猛，大败廓尔喀军，加强了清朝对西藏的管辖。“两平廓尔喀”不仅保卫了清朝边疆国土和维持了百姓的安宁幸福，也打消了廓尔喀再次侵占中国的念头。清政府在平定廓尔喀时出台了《钦定藏内善后章程》和实施“金瓶掣签”体制，强化对西藏的治理，维护了领土完整。乾隆二十年（1755 年）五月，清政府攻占伊犁，达瓦齐在战乱中逃到南疆乌什。阿睦尔撒纳图谋当四部总汗未遂，于当年八月发动反清起义，被乾隆帝镇压。乾隆二十二年（1757 年），因为内乱和北疆区域痘疫的传播，阿睦尔撒纳逃跑至哈萨克，又逃到沙俄，感染了天花死亡。至此在清朝前期和中期骚扰中国西北地区长达几十年的准噶尔部终于被消灭。
乾隆二十二年（1757 年），投靠清朝的小和卓叛逃，投奔大和卓，大小和卓兄弟宣告独立。他们的统治惨无人道，乾隆二十三年（1758年）到乾隆二十四年（1759年），清政府为解救处于水深火热中的南疆百姓，出兵平定了大小和卓。清朝收回了新疆地区，从此天山南北全部属于清朝的领土。在清军平定此次战乱后，乾隆帝将西域赋予“新疆”的名号，并将其归于伊犁将军管辖，新疆至此回归了清政府的版图。乾隆五十一年（1786 年）十一月，林爽文率众起义。十二月，台湾天地会领袖林爽文发动农民起义，众举林爽文为盟主大元帅，建元顺天 。起义席卷台湾北部，并在前期屡败清军。乾隆五十二年（1787年）八月，福康安被任命为将军、海兰察被任命为参赞大臣，指挥水军跨海。乾隆五十三年（1788 年）正月初，清军多路出击，采用了优良兵队集中攻击及逐个分化的手段镇压了林爽文的反叛，并将逃到老衢崎的林爽文逮捕，送到北京处死。
对外的军事行动，清缅战争指清政府与缅甸两方为争夺边疆领域和能源的使用权爆发的战役。乾隆二十七年（1762 年）冬，缅甸对我国云南普洱发起了进攻，清朝为保全自己的领土完整开始了抗战，在乾隆三十四年（1769 年）十一月十六日清缅双方签订了停战和解协议。缅甸认可并屈服于实力优越的清朝。清越战争是乾隆五十三年（1788 年）末到乾隆五十四年（1789 年）初清朝和越南爆发的战争。乾隆五十二年（1787 年），越南的阮文惠广南王为使越南完成统一的任务，对越南北部发起了进攻。乾隆帝则出军帮助越南北部。最后阮文惠广南王停止战争与清朝达到和解、并主向清朝进贡。
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