公元1643年9月，51岁的皇太极去世。由于这件事非常的突然，皇太极关于继承人的问题，没有留下任何的遗嘱。在这样的情况下，清朝内部出现了关于皇位继承人的内斗。当时，最有利的继承人是皇太极的弟弟多尔衮，多尔衮在皇太极时期屡立战功，得到了正白旗和镶白旗的拥戴。皇太极去世以后，一部分人建议兄终弟及，由多尔衮继承皇位。但代表皇族的正黄旗和镶黄旗不同意，两旗官兵要求必须拥立皇太极的儿子继位。皇太极的长子豪格是最大的竞争者，当时，豪格已经34岁了，比多尔衮的年龄还大。
但多尔衮不同意豪格继位，因为豪格和多尔衮存在很大的矛盾，豪格也是战功赫赫。如果豪格上台，多尔衮的日子肯定不好过。因此，多尔衮以豪格的母亲出身太低为理由，坚决反对豪格继承皇位。双方发生了争吵，两白旗和两黄旗有发生火拼的可能。此时，郑亲王济尔哈朗提出了一个折中的方案：由皇太极的其他儿子继承皇位，多尔衮负责辅政。对于两黄旗来说，只要是皇太极的儿子就行，具体是不是豪格无所谓。这样一来，豪格失去了两黄旗的支持，说话不再那么底气十足。至于多尔衮，辅政的实权很大，对于多尔衮来说足够了。
最关键的问题出现了，皇太极有8个儿子，即使排除了长子豪格，还有其他7个儿子。分别是：叶布舒、硕塞、常舒、福临等人，其中，福临不是嫡子，仅仅排行第九，上边有好几个哥哥，下边还有两个弟弟。但是，最终为何选择了福临呢？这和福临的出身有关，福临的母亲庄妃，也就是后来的孝庄太后，是蒙古贵族出身。清朝建立以后一直非常注重满蒙联姻，拥立一位有蒙古血统的皇帝，有利于团结蒙古各个部落。从母亲的出身来说，庄妃是五大福晋之一。而福临则是五大福晋所生的孩子中，唯一带有蒙古血统的孩子。
依靠母亲的地位和自身的血统，只有6岁的福临继承了皇位，年号为顺治。由于小皇帝只有6岁，多尔衮和济尔哈朗负责辅政。从表面上来看，清朝的皇位问题已经完成了平稳的过度。其实，清朝的根本国策发生了变化。在皇太极时期，清朝的贵族们虽然屡屡南下，但并没有入关的想法。因为中原的人口太多，包括皇太极在内，大部分清朝贵族都担心自己统治不了人口众多的中原地区。反倒是那些投降的明朝官员们积极怂恿南下，形成了非常鲜明的对比。在皇太极去世以后，多尔衮掌握了实际权力，多尔衮是明显偏向于南下的。
第二年，李自成率领农民军攻入了京城，明朝崇祯皇帝自杀。此时的多尔衮认为这是绝佳的机会，集结了几乎所有能够集结的部队南下。在著名的山海关大战中，多尔衮联合吴三桂击败了李自成的大军。随后，多尔衮进入了紫禁城，清朝军队成功入关。顺治皇帝从沈阳迁都到了北京，清朝开始了逐步统一全国的步伐。当时，李自成还控制着陕西、甘肃等地，而张献忠控制了四川地区。明朝的残余势力仍旧控制着南方的半壁江山，而且拥立了福王为新皇帝。对于刚刚入关的清朝来说，问题还有很多。
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