明朝到了万历时，皇权已经萎缩。皇帝的旨意需要由内阁安排人去执行，假如内阁认为旨意不合适，他们会让皇帝修正或撤回，倘若皇帝坚持，他们可能不奉诏。如果皇帝不顾舆论的压力，对朝臣加以惩处，则会引得更多的大臣站出来维护这个集体的权力。
受惩处者和仿效者会被冠以“铮臣”的荣耀，而皇帝本人却会被视为昏君、君，受到道德上的极度孤立。皇帝不可能一个人就能管理全国的政务，他需要依赖内阁和六部大臣来具体地执行权力，所以明朝的官员敢于直谏，敢于用礼仪道德束缚皇帝。因此，大臣们并没有去揣摩和迎合万历的意愿，而是舍得以身家性命去和实力远胜于己的皇帝抗争。
反对皇帝废长立幼的满朝文官们，其实是在维护一种关于接班人的制度，一种已经用了几千年、并且实践证明行之有效的制度。只有确定了这套制度的效力，才能保证帝国权力交接的稳定，其实也就是国家的稳定。这让宫廷免去夺嫡的纷争和险恶，免去最高统治者一时头脑发热胡乱指定接班人的可能，免去野心家为政治投机而行废立之可能。
如果这套体制得以确立并且定型，国家将可以不必在选定继承人之事上消耗过多的政治资源;并且，皇帝对接班人没有了选择的余地，为规避因接班人能力不足给治理帝国带来的不利作用，他会强化对内阁班子的打造和对制度治国的依赖。毫无疑问，这势必会扩大内阁的权力，进一步弱化皇权。或许，这是古代中国走上宪政之路的一个起点。
可惜，这一场争国本，明廷的朝臣们集体表现出的，大约是中国历史上士大夫们最后的一次风骨。
曾经为明神宗付出过青春和爱情的郑皇贵妃，一直为后人所唾骂。即使史学家也未必给予这个悲剧性女人公正的评价。“女人乃亡国之祸水”，同样是对郑皇贵妃的结论。在国本之争这个主题上，尚有为数众多的历史研究者，其观点依然站在万历一朝的臣僚一边。
似乎郑皇贵妃天生就该安分守己地做任人宰割的妃嫔，而不应有做皇后的非分之想;万历皇帝天生就该和王恭妃恩恩爱爱，不应有真正的爱情。这些有悖常情的论断大多出于一种僵化、保守、人云亦云的思想驱使，无疑有失公允，弄得是非渐已分明的历史，再度蒙上了一层难以辨认的锈迹。
