努尔哈赤在去世之前，将自己亲统的两黄旗按照女真人的旧俗，分给了自己最钟爱的三个小儿子：阿济格、多尔衮和多铎。三个儿子各分十五个佐领。同时，努尔哈赤还明确表示自己去世后，将由阿济格担任镶黄旗旗主，多铎担任正黄旗旗主；至于多尔衮，将会另赐一旗给他。由于经过此次分配后，正黄旗被全部分给多铎和阿济格了，镶黄旗成了努尔哈赤唯一亲自统领的旗，所以镶黄旗在这之后也被称为头旗，并且在此后一直被称为八旗之首。
而当时，皇太极和他的长子豪格则分别统率两白旗。后来皇太极继位，他提出要两黄旗和两白旗进行互换，阿济格、多尔衮和多铎没有提出异议，于是这次换旗顺利完成。
皇太极提出两黄和两白旗互换如此顺利，有以下三个原因：
一是皇太极是君主，而阿济格、多尔衮、多铎当时的年纪都不大，再加上他们的母亲大妃阿巴亥被逼殉葬，暂时还没有和皇太极对抗的能力和勇气；
二是后金已受到汉文化的影响，黄色是君主的御用服色，只有君主或者是君主赏赐后才能使用，阿济格三兄弟是臣子，并没有资格使用黄色。在制度上，多尔衮三兄弟没有反对皇太极的理由；
第三也是最重要的一点，此次换旗只是交换旗帜和服色，也就是换旗不换人，各旗所属人众仍归各旗主所有。这才是阿济格三兄弟能够对换旗没有太大异议的真正原因。
于是这次换旗之后，皇太极也就变成了两黄旗的势旗主。而多尔衮三兄弟，则变成了两白旗的旗主。双方都是两旗人马，两拨人的实力势均力敌，皇太极不占什么优势。这对于皇太极这个君主来说是不能接受的。
于是之后，皇太极便利用自己后金大汗的身份优势，通过对两红和两蓝旗进行排挤打击，一步步的建立了自己的权威。
首先是永平之战后，阿敏（努尔哈赤同母弟舒尔哈齐的次子）逃回关外，皇太极借此机会整肃阿敏。他召集众大臣及贝勒议其弃守永平和图谋自立等十六项大罪。最后处理结果是：削去阿敏的旗主之位，并将其圈禁在家。其所属镶蓝旗则赏给跟皇太极穿一条裤子的堂弟济尔哈朗。
紧接着，莽古尔泰（努尔哈赤第五子）由于在大凌河战役犯下御前漏刃的大罪，受到降爵和罚银的处罚。不久后，莽尔古泰抑郁成疾，因病去世。三年后，莽古尔泰的旗下奴仆告其发欲图谋反，皇太极乘机夺去了他的正蓝旗旗主之位，他的子孙也跟着一起受牵连，被降为红带子。
由于正蓝旗此时没有了旗主，于是皇太极将自己和豪格统辖的两黄旗和无主的正蓝旗的人员全部打散混编，重新划分为三个旗，分别授予正黄旗、镶黄旗和正蓝旗的旗帜。皇太极亲自统辖两黄旗，将新编的正蓝旗授予豪格，这样后金国大汗一系实际控制了八旗中的三旗，上三旗的雏形由此诞生了。
同时，济尔哈朗控制的镶蓝旗和两红旗也都是皇太极的附庸。因此，皇太极当时的势力其实是六旗，对多尔衮三兄弟控制的两白旗形成了压倒性的优势。如不出意外，皇太极最终也会吞并两白旗，完成八旗的整合。
但是在1643年，已经初步完成了绝对权威的皇太极却突然病死。他这一死，就导致了后来一连串的连锁事件发生。
由于清皇太极暴毙之前没有留遗言，没有指定继承人。而大清也没有继承制度。也就是大清皇帝到底谁来继位，不看继承关系，而是完全就是看谁拳头最硬。
那么，当时谁的拳头最硬呢？一个是皇太极的十四弟多尔衮，另一个则是皇太极的大儿子豪格。他们背后都有自己的支持者。但是皇位只有一个，争皇位的人有两个，两人背后都有若干支持者，如果搞不好，两拨人火并起来，清朝估计就完蛋了。
于是，所有的王公贝勒聚集在一起，大家一起开会，决定用和平的办法解决这个继承者的问题。
当时，主要的与会人员有以下几位：
正蓝旗旗主——肃亲王豪格，皇太极长子，皇位争夺者。
镶蓝旗旗主——郑亲王济尔哈朗，他是皇太极的堂兄弟，豪格的支持者。
正红旗旗主——礼亲王代善，他是努尔哈赤的二儿子，著名的老好人，谁都不支持，但是也不反对。
镶红旗旗主——代善儿子硕拖，他的政治主张与代善一样。但是后来又反悔，改为明确支持多尔衮。
英郡王阿济格——老十二，多尔衮亲哥。
睿亲王多尔衮——老十四，皇位争夺者。
豫亲王多铎——老十五，多尔衮亲弟弟。
这三兄弟掌控两白旗，且政治倾向一样，都是坚定的支持多尔衮。
这个时候，豪格有两蓝旗支持，多尔衮有两白旗的支持，两红旗打酱油，保持中立。明面上看，两边的势力是持平的。于是，这个时候两黄旗的态度就很重要了。
那么，两黄旗支持谁呢？支持豪格和多尔衮的人都有。有一些大臣支持多尔衮，但是像索尼和鳌拜这些武将支持豪格。
当时身为镶黄旗护军统领的鳌拜和索尼没有墙头草两边倒，他们坚决站在豪格一边。因为如果让多尔衮当了皇帝，两黄旗和皇太极一脉子孙的利益必然受损。两黄旗的其他大臣，如索尼、鳌拜、谭泰等八人会集于豪格府邸，两派人“共立盟誓，愿死生一处”，密谋拥立肃亲王豪格为帝。誓要与睿亲王多尔衮争个高低。
到了正式议事那天清晨，两黄旗大臣再次盟誓于大清门，坚决拥立皇太极之子继位，不让多尔衮得逞。而且鳌拜和索尼等人还密令两黄旗精锐护军全副武装环卫崇政殿，作好了跟多尔衮火并的准备。
于是，当会议之中争论不休时，鳌拜和索尼等效忠于皇太极的两黄旗将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝的儿子，我们宁可从死先帝于地下！”
实际上，两黄旗是想以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种咄咄逼人的形势下，多尔衮不得不做出让步，提出拥立皇太极的第九子，当时只有六岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折中方案最终为双方所接受。
于是福临即位，改明年为顺治元年。
这里插一句，豪格当时不同意，但是豪格因为后宫不支持他（皇太极后妃），因此赌气没有参加后面的会议。多尔衮抓住豪格不在的大好机会，直接定了福临为帝。
顺治帝继位之后，由于两黄旗的态度是支持皇太极的儿子登基即可，豪格和顺治都是皇太极的儿子。两黄旗支持谁都可以，于是索尼和鳌拜等人便不再支持豪格，而是改而支持顺治。
但是由于顺治只有六岁，大清的一切大事完全由多尔衮做主。多尔衮仗着自己是摄政王的身份大肆打压两黄旗的部众。像索尼和鳌拜这样曾经对多尔衮动过刀子的人，被多尔衮整得很惨。另外还有镶红旗旗主硕拖，他因为支持多尔衮称帝，密谋推翻顺治，被人检举揭发，在多尔衮的默准下，被处死。
然后是两蓝旗，豪格和济尔哈朗也被多尔衮整得死去活来。其中豪格被整死，济尔哈朗先是被多尔衮以建筑府第逾制，擅自使用铜狮、铜龟、铜鹤为由被罚银二千，罢免辅政职务。接着又因贝子屯齐、尚善、屯齐喀等诬告他，说当初皇太极驾崩时，济尔哈朗故意不举发两黄旗大臣谋立豪格，以及扈从入关，擅自令两蓝旗越序立营前行。被多尔衮议罪当死，遂兴大狱，降为多罗郡王。
事后多尔衮虽然没像弄死豪格一样弄死济尔哈朗，但济尔哈朗也因为势力大挫，不再对多尔衮构成威胁了。
其后，济尔哈朗避多尔衮的锋芒，一直到多尔衮死后，他才再次出山，拉拢其它实力派联名追论多尔衮的罪状，最终清算了多尔衮一派。
总的来说，皇太极死后，两黄旗和两蓝旗是明确支持豪格继位的。但是，两蓝旗支持豪格是因为豪格是他们的主子，而两黄旗支持豪格是因为豪格是皇太极的儿子。当多尔衮扶持福临登基后，由于福临也是皇太极的儿子，于是两黄旗便转而支持顺治。两黄和两蓝旗的联盟便被多尔衮给拆散。
至于两白旗，这是多尔衮的势力。皇太极活着的时候就支持多尔衮。而两红旗一直都在打酱油，谁说话声音响就支持谁。
另外还有很重要的一点，争夺皇位时，豪格得不到后宫对他的支持。因为豪格不是后宫五妃所出，而孝端皇后的意见，两黄旗的将领也要买帐。于是才在选举的关键时刻，老滑头代善和小滑头济尔哈朗始终不敢投豪格的票。豪格原指望两人推举他，可等来等去也等不到，后来负气离开，被多尔衮抓住了这个大好时机。
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