如果以结果倒退过程和原因的话,，袁崇焕杀掉毛文龙无疑是错误的，而且是一个很致命的错误，这个错误导致了两个严重后果，首先是毛文龙死后，他所镇守的皮岛逐渐脱离了大明的控制，对后金的牵制的作用消失，后金可以没有了后顾之忧，可以倾巢出动进攻大明造成“己巳之变”，皇太极十万大军千里奔袭围困京城。毛文龙之子及其部将在甚至还谋反投降后金，对明朝在辽东的战略部署造成了不小的影响。其次，袁崇焕擅杀毛文龙为其通敌的罪名提供了口实，也为袁崇焕被冤杀的罪状之一。
先说说毛文龙其人，辽东失陷时，毛文龙率二百人乘虚杀了后金镇江守将占领皮岛，并设立军镇，开辟敌后战场，并不断登岸袭扰后金，努尔哈赤却没有办法，因为后金没有水军，只能眼睁睁的看着毛文龙在皮岛上逍遥快活。毛文龙在敌后屡立战功，也受到了朝廷极大封赏，官至都督平辽总兵官领尚方宝剑。但是在登莱巡抚袁可立去职后，毛文龙逐渐恃宠而骄，大肆所要军饷，并在岛上与各国做生意搞创收，俨然是哥独立王国；对朝廷也是人浮于事。毛文龙这些行为都让袁崇焕看不顺眼，恨不能杀之而后快。
或许毛文龙该杀，但绝对不该袁崇焕来杀，袁崇焕在杀了毛文龙后给朝廷的奏书中也提到：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”尽管崇祯碍于形势当时没有怪罪袁崇焕，但是却为袁崇焕后来被杀埋下伏笔。
毛文龙的部署向来认人不认组织，毛文龙死后，尽管袁崇焕尽力安抚其部署，但其所辖地区逐渐脱离大明的控制，毛文龙之子毛成路和部将孔有德、耿仲明先后反叛。皮岛的牵制作用不复存在。皇太极率领没有后顾之忧的后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直接抵达北京城下，史称“己巳之变”，这次事件又导致了袁崇焕被杀，大明在辽东的局面再也无可挽回。
毛文龙做为乱世枭雄，并无袁崇焕那般报效朝廷，收复辽东的家国情怀，但其存在却有一定的价值，袁崇焕矫诏杀人，并先斩后奏，其性格缺陷注定了悲剧的命运。
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