根据明朝相关史料记载，明万历十八年(1590年)至二十八年(1600年)六月，四川、贵州、湖广三省官军联合平定四川播州宣慰使杨应龙叛乱。云南沐府没有参加此次平叛。
播州杨应龙叛乱总共分为几个阶段
第一阶段：杨应龙于隆庆六年(1572年)袭为播州宣慰使后，数从征战，恃功而骄，阴生割据四川之谋。万历十八年，贵州巡抚叶梦熊、疏请发兵进剿，但四川抚、按竭力主抚，征剿未果。二十一年正月，巡抚都御史王继光至重庆调查，杨应龙公开对抗，遂与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军，全力进剿，并檄请贵州兵北上增援。两军战于娄山关(今贵州遵义北)一带，官军死伤大半，被迫撤兵。万历二十二年三月，兵部侍郎邢玠总督贵州，主抚之议又起。明廷因朝鲜战争吃紧，无力分兵攻剿，遂暂缓对播州的征讨。杨应龙趁机攻城略地，扩充实力。
这段时间，明廷正在进行万历三大征里规模最小的朝鲜战争，无暇抽出手对付土著杨应龙，因此双方修生养息没有战争。
第二阶段：万历二十八年，征兵大集，二月，在总督李化龙指挥下，明军分兵八路进发，每路约三万人。刘綎进兵綦江，连破楠木山、羊简台、三峒天险。又败应龙之子朝栋所统苗军。其他几路明军也取得胜利。三月底，刘綎攻占娄山关，四月，杨应龙率诸苗决死战，又败。綎进占杨应龙所依天险之地龙爪、海云，至海龙囤（今遵义西北），与诸路军合围之。六月，刘綎又破大城。应龙知大势已去，与二妾自缢，子朝栋等被执，明军入城，播州平。后分其地为遵义、平越二府，分属四川、贵州。
从上图我们可以看到，红圈的位置是原本的播州位置，而画蓝圈的是云南的首府昆明的位置，也就是说，沐府所在的位置是在播州杨应龙的后方，也就是黔西南的位置，按照贵州地理形势来说，黔西南道路难行，多山不利于行军，这是第一，第二我们来看一下万历二十二年至二十八年的历史记录
万历二十一年，缅人复入寇，昌祚逐之。连战俱捷，遂傅于缅，会群蛮内乱乃还。
从万历十三年开始，沐府就从昆明移驻洱海，为的就是防备缅甸从广西，云南两个方向侵略中国内地，明缅战争旷日持久，边境不得有失。这场战争一直持续到万历三十四年，缅军30万进攻木邦（原属明朝的地方），明军救兵不至，木邦失陷。至此以后，明朝与缅甸之间的战争基本上停止了，这是因为：明朝方面，明朝廷的统治已陷于危机，再也无力收复被缅甸占领的广大地区。
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