代价可从三次战役中进行分析：
一、万年二十年（公元1592年）宁夏之役
万历皇帝朱翊钧（明神宗）
又称镇压哱拜之乱，明新任宁夏巡抚党馨发现哱拜有不臣之心，要求裁减由其控制的卫所，哱拜联合了蒙古诸部，起兵造反，攻占了宁夏全境。万历皇帝派遣麻贵、李如松等人作为统帅，征调浙兵、苗兵进行镇压，五个月激战后最终平定叛乱。明朝虽然取得了最终的胜利，但宁夏全境几为战场，百姓民不聊生，生产遭到巨大破坏，百姓陷入战争的泥淖，苦不堪言；由于战事的持久，浙江等地的兵员被抽调至宁夏平定叛乱，这些人远离家乡，脱离生产，很多人埋骨他乡。
二、万历二十五年(公元1597年)抗日援朝
明朝万历二十年,掌握日本实际权力的大臣丰臣秀吉,发动的旨在征服朝鲜、进军明朝的侵略战争。应朝鲜国王的请求,万历皇帝派将帅帅兵出征,并且最终取得胜利。战争的结果是丰臣秀吉失去了日本的实际执政地位，日本实际统治权落入德川家康之手。而明朝虽然取得胜利，不过由于劳师远征，不熟悉环境以及指挥失误，大量的将帅客死他乡，后方补给线过长又造成耗费过多,帝国由盛走衰。
三、万历二十八年（公元1600年）平定播州之乱
明万历二十七年（公元1599年）二月，播州宣慰司使杨应龙由于自己骄横跋扈，作恶多端被革职，儿子被押送重庆死在重庆后恼羞成怒悍然发动叛乱，起兵反明。万历皇帝调兵选将，历时十月，最终平定播州叛乱。此次战役，明朝先后易帅多次，攻击出兵二十多万才平定，虽然取得了胜利，不过给贵州境内的百姓带来了战争和痛苦，青壮年男性征战沙场，天地荒芜，民不聊生，明政府也付出了很大的代价。
播州区位图
总的来讲，万历年间的三次重大战役，表面上看明王朝都取得了最终胜利， 可是实际上看，这三次重大战役却成了督促明王朝迅速走向衰弱的助推器。单从军费消耗上看，据记载三次战役共计消耗1100万两白银，这对于当时已经入不敷出的明王朝来说，无疑是雪上加霜，为了弥补亏空，政府只有加收重税，负担转移到百姓身上，造就了百姓的离心离德，明末接连不断的农民起义，都与此有关；其次，接二连三的用兵，明军都是以数倍于敌人的军队，在付出极大代价后才勉强取得胜利，可谓之惨胜，极大地暴露了明朝军队的羸弱不堪，半个世纪不到之后，明王朝针扎无效，在内忧外患情况下，最终亡于农民起义军李自成之手。
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