万历皇帝是明朝皇帝中少有的聪明人。万历很早就已经看透了大明王朝这套臃肿的行政机制。万历皇帝甚至看透了这帮自太祖以来靠座主门生构成的官僚机构。在黄仁宇先生的《万历十五年》一书里就提到，万历感觉到了一股汹涌的暗流正向他袭来。而这正是由于明成祖之后，大明王朝的文官体系形成的弊病。
万历皇帝很想对这一文官体系进行一番改革，甚至基于对他老师张居正的仇恨，万历查抄了张居正的家，饿死了张居正的子孙们。但是，万历皇帝最终发现，即使自己减除了张居正的影响，继任的张四维、申时行等人也同样来自于套体制，也同样在他的眼皮子底下干着跟张居正此前一样的事情。
万历十四年（1586年）九月，万历帝因病连日免朝，给内阁的解释是“头晕眼黑，力乏不兴”，服药之后依然“身体虚弱，头晕未止”，不但无法上朝，祭祀太庙也无法亲自前往。 万历十四年后，万历帝就开始连续不上朝。万历皇帝从此开始了他与朝臣之间长达数十年的抗争。但是，万历很明白朝廷需要什么，自己需要什么，因此，万历帝派出矿监和税监搜刮民间财产。万历给自己攒下了几千万两银子的皇银内帑，并且通过控制财政的手段来控制朝政。
同样，万历皇帝通过对财政的控制，先后取得了援助朝鲜王朝抵抗日本侵略的壬辰倭乱、平定宁夏哱拜之乱、平定贵州杨应龙之乱的“万历三大征”的胜利。也因此，万历皇帝认为自己是继太祖成祖之后，有着赫赫武功的皇帝，并且认为自己的这套消极办法也能行之有效。
清朝官方的《明史》载：“宁夏用兵，费帑金二百余万。其冬，朝鲜用兵，首尾八年，费帑金七百余万。二十七年，播州用兵，又费帑金二三百万。三大征踵接，国用大匮” 。又卷百二十三《王德完传》：“近岁宁夏用兵，费百八十余万；朝鲜之役，七百八十余万；播州之役，二百余万”。据此可以粗略统计出这八年间国家的军事开支高达一千一百六十余万两白银。
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