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对元朝的评价，历来有两种基本对立的观点。
第一种观点：
其一，历来匈奴打不赢秦汉，突厥打不赢隋唐，但历史颠倒了，蒙元落后，南宋先进，反而南宋挨打，汉人沦为最低等人，元代的建立是中华民族的劫难，是人类历史上野蛮战胜文明，落后战胜进步的个案。于是得出“战争并不都是由文明程度决定”之结论，后来满清打败朱明，是又一例证。
其二，元代建立是政治文明的倒退和对自由精神的扼杀。宋朝是开放的朝代，知识分子大多敢于自由发表意见，就算皇帝听了不高兴，但皇帝并没有杀害他们，只是个别的流放了。而元朝不尊重人，把人分成四等：第一等是蒙古人，第二等是色目人、西夏人、回回人和畏兀儿人，第三等是原金统治区的汉人、契丹人和女真人；第四等是原南宋统治区的汉人和其他各族人，以及“新娘初夜权”、“刀械管制”等，这是明显的政治的大倒退。
其三，宋朝是民族精神最强盛的时期，有着民族自豪感、自信心、凝聚力等，崖山海战10万人跳海自杀，就是民族风骨的集中体现。但元朝建立，民族精神受到严重摧残，只有那些投降派、贪生怕死的人苟活了下来。
第二种观点：
1元朝建立结束了五代以来的分裂局面，消弭了南北对抗的矛盾，扩大了中国的版图；
2元朝的建立对中华民族有非常积极的影响，对中华民族的发展壮大是一件大好事，尽管是用武力来实现的民族融合，但民族融合是客观存在的。元朝作为由少数民族建立的全国统一政权，尽管在统治方式上比较落后，但成为多民族国家获得发展的一个重要阶段。
3元代建立行省制度是自秦汉以来中央集权制度的重大发展，西藏由宣政院管辖，恢复了宋
代失去的丝绸之路，澎湖设立巡检司，证明这些地区自古就是中国的领土。
元朝是蒙古族建立的中国王朝，定都大都（今北京），传5世11帝，历时98年。而四大汗国(钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊利汗国)是成吉思汗划分给他四个儿子的封地。四大汗国名义上服从大汗（元朝皇帝）宗主权，实际上各自为政。
朱元璋曾认为，元朝统治者虽为外族，但入主中原接近百年，统治初期休养生息，百姓也安得其所，汉人在心里是认可蒙元统治者已得天命。
蒙元统治是中国内部争斗的结果，属于中国的一个少数民族统的封建王朝，不能说成是中国古代被灭国的殖民地。国家是阶级统治的工具。一个政权被颠覆了，其统治模式没变，那只是说改朝换代。
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