作为推翻元朝统治建立的王朝，明朝建立之后，元朝统治真的被彻底推翻了吗？事实上并没有，从至正二十八年（1368年）明朝建立，徐达北伐、元顺帝退出中原，到崇祯八年（1635年）最后一位可汗额哲献玺投降，元朝的统治其实仍然延续了两个半世纪，而且始终是明朝北部最大的威胁。
元顺帝北逃后蒙古虽然分裂，但黄金家族仍是名义上的统治者至正二十八年（1368年），朱元璋称帝建立明朝之后，派遣徐达发动北伐，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔自知不敌，遂率残余势力退出中原，虽然元朝对中原的统治就此终结，但元朝却并未就此灭亡，元顺帝北逃后其统治得以延续，史称北元。
为消除北元威胁，明太祖朱元璋曾多次发动北伐，并最终于洪武二十一年（1388年）的“捕鱼儿海之战”中，大败脱古思帖木儿，脱古思帖木儿与儿子天保奴和丞相失烈门等人被部将所杀，此战导致黄金家族声望大损，开始逐渐丧失对蒙古各部的统治。
此后，虽然蒙古分裂为鞑靼和瓦剌两部，且黄金家族大权旁落，但黄金家族的号召力仍然存在，其作为蒙古实际统治者地位短期内仍然难以动摇。鞑靼大权虽然掌握在太师阿鲁台手中，但其仍然得奉黄金家族后裔孛儿只斤·本雅失里为可汗。
明成祖永乐登上皇位后，与鞑靼蒙古之间的矛盾再度激化，朱棣于是从永乐八年（1410年）开始，先后五次亲征漠北，鞑靼实力大损。到了仁宣年间，因连年征战损耗国力，明朝开始转入战略防御，而瓦剌则趁此机会开始迅速崛起。
正统十四年（1449年），瓦剌太师也先南侵制造“土木堡之变”，明军惨遭战败，明英宗朱祁镇被俘，直接导致明朝面临立国以来的重大危机。好在此时大明国力强盛，明朝应对得当，在此后的北京保卫战中挫败瓦剌。
需要注意的是，瓦剌大权虽然掌握在太师也先手中，但其仍然要奉黄金家族后裔脱脱不花为汗。而正是由于北京保卫战后，也先与脱脱不花之间矛盾加剧，没有黄金家族血统的也先僭越自立为汗，结果导致原本已经臣服于他的蒙古部落再度反叛，也先本人也于景泰四年（1453年）被杀，瓦剌就此分裂为四部。
如上，不论是瓦剌还是鞑靼，黄金家族虽然大权旁落，但其在蒙古部落中的号召力仍然存在，以至于不论是鞑靼太师阿鲁台，还是瓦剌太师也先，都必须奉黄金家族后裔为正统。
达延汗曾短暂中兴蒙古，但其死后便再度陷入混乱瓦剌衰败之后，蒙古草原再度陷入混乱，黄金家族后裔则在内乱中重新崛起。成化三年（1467年），成吉思汗第27代传人孛儿只斤dainty满都鲁在战争中去世，其子巴图孟克在满都海赛音可敦的支持下于成化六年（1470年）继承汗位，尊号达延汗。
△达延汗
达延汗在满都海赛音的支持下，迅速稳固了自己的统治地位，并通过战争将瓦剌势力彻底赶出了蒙古中部地区。达延汗在位37年，先后征服亦思马因、火筛、亦卜剌，使得黄金家族重新统治了草原中部和东部，再加上一系列卓有成效的改革，使得蒙古短暂得以中兴。
然而，当达延汗去世之后，虽然他的后世子孙仍然能够顺利继承汗位，但对于蒙古各部的统治，却开始迅速下滑，以至于其可汗的权力只能集中于察哈尔等蒙古部落，而其余蒙古各部，实际上已经处于半独立状态。
而就在蒙古各部分分合合之际，由于明朝经略辽东失败，从隆庆四年（1570年）开始，辽东女真在努尔哈赤率领下开始逐渐崛起，并迅速实现了女真各部的统一，并于万历四十四年（1616年）建立后金政权，而这个后起的政权，则给残存的黄金家族带来了灭顶之灾。
后金对蒙古部落大肆分化，林丹汗死后其子献玺投降后金政权建立后，努尔哈赤虽然在辽东战场屡败明军，但却始终难将势力延伸进关内，努尔哈赤死后，皇太极即位。皇太极见短期内无法入关，遂将战略重心调整为东西两端，在以武力迫使朝鲜臣服的同时，对东部蒙古进行分化拉拢。
在皇太极的努力下，后金先后与科尔沁部、扎鲁特部联姻结盟，时为蒙古可汗的林丹汗，自然也看出了后金的野心，于是派兵收复右翼鄂尔多斯、喀喇沁、土默特等部，并与喀尔喀部结为联盟，意图遏制后金西扩之势。
崇祯元年（1628年），兀良哈的苏布台、喀喇沁的达来台吉、土默特和布石图汗、鄂尔多斯的额仁沁济农以及永谢布、阿苏惕、阿巴嘎、喀尔喀等部为摆脱林丹汗，公然结盟与其对抗，并在召城之战中，斩杀林丹汗精锐四万余人，导致蒙古可汗实力大为削弱。
之后，土默特、喀喇沁、兀良哈等部为避免林丹汗报复，干脆就此倒向后金，结果导致林丹汗陷入孤立无援之境地。后皇太极和东部蒙古各部，多次对林丹汗用兵，林丹汗被迫退出西拉木伦河流域，迁至归化城（今呼和浩特）固守。
崇祯五年（1632年）4月，皇太极再度召集联军西进，自知不敌的林丹汗只得率领人畜十余万西渡黄河逃窜，最终逃至青海，两年后病逝于打草滩。崇祯八年（1635年），多尔衮和岳托等率兵再追，招降林丹汗余部，林丹汗之子孛儿只斤·额尔孔果洛额哲只得献传国玉玺出降，漠南蒙古就此并入后金版图，而蒙古汗位至此彻底断绝，至此元朝才算彻底败亡。
如上，从明朝建立，再到最后一位可汗额哲投降，元朝的统治其实还是延续了两百余年，并始终是明朝北部的巨患。而额哲投降后，不仅被皇太极封为亲王，而且将皇女马喀塔格格嫁给了额哲。而到康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，但随即便失败，结果北元残部也就此毁于一旦。
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