蒙古大军是历史上最为残暴的一支军队，他们一路烧杀掠夺，犹如地狱出来的魔鬼一样令世人恐惧。蒙古大军在征服亚欧各国的路上，前后累计屠杀军民2亿人左右，其中仅仅忽必烈就在中国屠杀超过1800万人；1122年全国人口9347万，到元初的1274年，人口仅有887万。蒙古在攻灭金国后，就计划将金国的汉人全部杀光，再将他们的土地全部改造成草原；这时耶律楚才站了出来，他劝窝阔台大汗不要杀汉人，因为汉人可以给他们提供劳力与税赋。耶律楚材在阻制蒙古军杀汉人方面确实居功至伟，比起长春真人丘处机劝铁木真的颁布止杀令要实际有用得多。
耶律楚材是契丹贵族，他出生时辽国已经灭亡，他在金国长大，家族也为金国服务，由于是贵族出生，因此他学习了不少汉族的儒学文化。耶律楚材在他父亲六十岁时才出生，其父曰：吾年六十而得此子，吾家千里驹也，他日必成伟器且当为异国用。《春秋左氏传》中有"虽楚有材，晋实用之"之语， 于是给儿子起名为"楚材"。蒙古灭了大金国后， 耶律楚材进入蒙古官场，受到成吉思汗与窝阔台大汗的器重与重用。窝阔台汗三年，耶律楚材成为中书令，也就是宰相，他积极恢复文治，逐步实施"以儒治国"的方案和"定制度 、议礼乐、立宗庙、建宫室、创学校、设科举等政治主张。正是耶律楚材的一系列方针政策，使得蒙古皇族渐渐汉化，保存了汉文化。
蒙古大军规定：凡是进攻敌人的城镇，只要对方进行抵抗，一旦攻克，不问老幼、贫富、逆顺，除工匠外，大部分杀戮，少数妇女和儿童成为奴隶。蒙古军还以车轮为限，高于车轮的敌方男性会全部被诛杀，塔塔尔部、西夏国都被蒙古军推行了车轮斩。蒙古军十分喜欢屠城，因为屠城后蒙古士兵可以将城内的财产全部据为已有：蒙古军灭了花剌子模后，对国都进行屠杀，约一百万人被杀；蒙古军攻占中都后，对中都进行了一个月的大屠杀，死者一百万余人。第一次西征的五万蒙古军平均每人斩杀24名百姓，死者上百万；蒙古攻灭西夏后，将西夏党项人杀得几乎族灭。
元朝建立后，由于耶律楚材建立的一系列政治制度，元朝没对汉人的进行种族屠杀，但是大屠杀依然十分多。元惠宗时，宰相伯颜被封为秦王，他十分的排汉，对汉人进行了一系列的压迫政策，他曾主张杀绝张、王、刘、李、赵五姓汉人，幸运的是汉化程度很深的元惠宗没有答应伯颜这一要求。元惠宗与脱脱合力扳倒了伯颜，之后进行了一系列的政治改革，意图中兴大元。当时天灾不断，百姓不断的起兵反抗元朝，红巾军就是当时反元的主力。后来朱元璋兴兵灭了元朝，并给元惠宗了一个谥号元顺帝；朱元璋总结元朝失败的经验，并没有对蒙古人进行种族屠杀，只要是愿意归顺明朝的蒙古人都是大明的国民，与汉民享有一样的权利与义务。
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