与净土宗大致相同，崇奉阿弥陀佛，要求信徒念佛持戒(不杀生、不偷盗、不邪淫、不妄语、不饮酒)，以期往生西方净土。先前的净土结社，参加者之间只是松弛的社友关系，社与社互不相属。茅子元则将其改为师徒传授、宗门相属。他在淀山湖建白莲忏堂，自称导师，坐受众拜;又规定徒众以;普觉妙道”四字命名;从而建立了一个比较定型的教门。
白莲教作为一种宗教概念，包括的内容很广。可以说它是一千多年来，发生在中国这块古老土地上的各种;异端”、;左道”、;邪教”的总括。是除了佛教、道教以外的又一个很重要的宗教，反映的是中国下层社会百姓的生活、思想、信仰和斗争，在中国农民战争史上充当着突出的角色。
白莲教信奉;真空家乡，无生老母”的八字真言。其教义则是;两宗三际”之说。;两宗”并非是其原有的天台宗和净土宗，而是指世界存在着明、暗两种相互斗争的势力;;三际”则是指过去、现在和未来三个时期。
他们宣传：弥勒佛降生，领导人们驱走黑暗，赢得光明，并在人间建立一个美好的;白阳世界”，人世界的弥勒佛就是他们的教主，故而要不断推翻世俗政权，建立一个以;白莲教”为首的神权王国。
明清时期各种秘密结社，如;反清复明”的;天地会”、;白莲教”、;天理教”甚至是;太平天国”等都有其影子，正是这样的教义才会鼓动民众造反。
初期的白莲教曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州(今江西九江)。但因教义浅显、修行简便而得以传播。迄南宋后期，虽仍被一些地方官府和以正统自居的佛教僧侣视为;事魔邪党”，但已到处有人传习，甚至远播到蒙古统治下的北方。元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是元代白莲教的两个中心。
元代白莲教的组织和教义都起了变化，戒律松懈，宗派林立。白莲教的地位并没有得到改善,一方面是继续信仰佛教、伊斯兰和基督教的上层人士不屑，一方面是地方上儒家大族们的本能敌视。所以白莲教依然被限定在底层人群中，发展维度有很大局限。但也是利用南北交通的联动，这种在江南完成重生的小教派，一路到了北方各地。
元末，一系列的天灾与大规模瘟疫，摧毁了整个王朝的脆弱基础。以底层人士为主的白莲教，自然出现在了风起云涌的叛军之中。他们以教团形式，加入了著名的红巾军。红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王(即阿弥陀佛)出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。最后协助朱元璋在江南有了立足之地。
但就和之前的历代统治者一样，上位的朱元璋很难不忌惮拥有自发组织的白莲教。尤其是这些教团已经在民间发展数百年之久，很难不有悖于朱元璋的高压管制理念。于是，在他开始东征苏州时，就已经发布了攻击和取缔白莲教社团的命令。
在新的明朝基本占据长城以南的区域后，白莲教在当时京师所在的江南地区，被压制的非常厉害。相反，倒是位于边区的北方各地，有了逐步壮大的趋势。尤其是在山地众多的山西，大量长期接受内亚宗教影响的民众，很容易就接受了相同起源的白莲教。元末明初的北方战事，基本上就以山西为核心展开。战争破坏与明朝的奇葩经济政策，都让更多人陷入了贫困。白莲教的潜在市场也逐步增加。
15世纪初的朱棣叛乱，又引发了规模不小的靖难之役。虽然战争基本上就在燕京到江淮直接的运河流域展开，却也一度影响到山西、河南等地。躲避战乱的人群，大量逃入附近省份。很多从卫所制中脱离的失地军户，也不自觉的进入山西和直隶，再次壮大了白莲教的规模。对此也无可奈何的明朝朝廷，只能怪小民无知，容易被;妖人”煽动。
更为不妙的处境，来自气候变化所带来的天灾。其中又以山西地区，遭灾特变严重。原本生产方式多样化的当地农民，被明朝强制进行单一的生产模式，对灾害的抗击能力也就降到了最低。不少人铤而走险，开始同边境另一边的蒙古人做了走私贸易。白莲教团的组织性与协作能力，正好符合走私商团的必须。
结果，这些在山西的白莲教众，就成为了北方边区的主要走私力量，堪称后来著名的晋商集团先祖。他们和东南沿海的私人海商一样，必须同内地的官宦大族联系，形成了维持地区经济稳定的不可控因素。这样的局面在整个15世纪后期都愈演愈烈。当广东和浙江沿海的商人，在地方官护佑下出海贸易。在山西也有不少白莲教徒出关，同掌握北亚贸易路线的蒙古人交易。
明初最大规模的白莲教起义是著名的唐赛儿起义。唐赛儿是山东蒲台县人，林三之妻。林死后据说唐偶得一石匣，内有宝剑兵书，唐研习后通晓法术兵法，以传白莲教为名，集合民众数千，于永乐十八年二月(1420年)起事，兵力达到数万人。永乐帝调动大军，才镇压下去，但在数万大军围剿之下，唐赛儿居然逃脱，令朱棣大为震怒。因为谣传唐赛儿出家为尼，躲入寺院，明朝廷在北京、山东等地的寺院里搜捕尼姑数万人之多，最后也没能擒获唐赛儿，白莲教在民间的潜势力之强大可见一斑。嘉靖年间，轰动朝野的;李福达案”便是白莲教势力所一手策划。
到了天启二年(1622年)，一次规模巨大的白莲教起义爆发了，即山东徐鸿儒领导的大起义，这是明末农民大起义的序幕。徐鸿儒是河北蓟州闻香教主王森的徒弟。王森于滦州石佛口传教，自称得妖狐异香，故倡闻香教。万历二十三年(1595年)，曾因传播邪教罪被捕，用贿得释，入京师。在北京他广交外戚宦官，继续行教。只因他的徒弟李国用用符咒召鬼，另立教派，和王森一派发生矛盾争执，终于事发。四十二年(1614年)王森再次被捕，五年后死于狱中。
王森死后，他的儿子王好贤和徒弟徐鸿儒、于弘志继续传教，信徒益多。天启二年(1622年)，王好贤与徐鸿儒相约是年中秋共同起兵，因计划泄露，徐鸿儒先期反，于五月起兵，自号中兴福烈帝，称大乘兴胜元年，以红巾为识。从五月至六月，相继攻陷郓城、邹县、滕县、巨野、峄县等地，十一月失败。于弘志于六月据武邑白家屯，将取景州，接应徐鸿儒，但举事七日即失败。
徐鸿儒等人在山东经营二十年，徒众不下二百万人，起义规模巨大，朝廷为之震动，称此为;二百六十年来未有之大变”。
白莲教的组织到了清代分布很广，黄河上下，大江南北到处都有，尤其是直隶、山东、山西、湖北、四川、陕西、甘肃、安徽等最为活跃。各阶层人民踊跃参加，在农村中则有;乡约吃教”，在城镇、集市则有;差役书办吃教”。当时教门派别很多，有清茶门教、牛八(朱)教、十字教、焚香教、混元教、红阳教、白阳教、老君门教、大乘教、清香教、圆顿教、八针教、大阳教等五花八门，其少许多教派都是白莲教的支派。白莲教拥有的群众最多，影响最大。它本身又分为许多别支，各以教主、首领为中心，组织相当复杂。领导人的名称也很多，有;祖师”、;师父”、;老掌柜”、;少掌柜”、;掌教元帅”、;先锋”等等。它的这种组织形式，适应于秘密传教(有时也用经文编成歌词，配上民间小调，击渔鼓、打竹板，用说唱的形式传教)，分散活动。
清朝中叶以后，人口迅猛增加，人多地少的矛盾相当突出，南方各省无地农民大量向陕西、河南、四川等地迁移。但是他们发现不管走到什么地方，土地皆被旗人及官员地主等霸占，移民过来也只能靠租种别人家的田地为生。
这时候的;白莲教”乘机在这些移民中宣传其传统的;两宗三际”之说，又加入了许多世俗内容，如：习其教者，患难相救;赀财均分;穿衣吃饭，不分你我等等，这些说教对于困苦的老百姓来说，具有莫大的吸引力，因而;白莲教”从乾隆中期开始，便慢慢成为一股强大的政治力量。
到了清嘉庆元年(1796年)，白莲教大起义已发展成嘉庆年间规模最大的一次起义。
嘉庆年间的白莲教起义，前后持续了九年零四个月，最早参加者多为白莲教徒。参加的人数多达几十万，起义爆发于四川、湖北、陕西边境地区，斗争区域遍及湖北、四川、陕西、河南、甘肃五省，而这五个省份，在当时都是中原最为富庶的地区，经过这次长达九年的战乱，人口大量减少，农业、商业、手工业遭到致命打击。白莲教起义军在历时9年多的战斗中，占据或攻破清朝府、州、县、厅、卫等204个。抗击了清政府从全国16个省征调的兵力，歼灭了大量清军，使清军损失一、二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人，土豪劣绅1000余人。清政府为镇压起义耗费白银2万万两，相当于当时清政府5年的财政收入，嘉庆帝扳倒和珅所得之财富，皆耗在白莲教起义的作战中。从此，清王朝从所谓;隆盛之世”陷入了武力削弱，财政奇黜的困境，迅速跌入没落的深渊。
