要了解秦始皇是倾向扶苏还是胡亥做继承人，首先需要了解秦始皇对他们二人的态度。
对于长子扶苏，史书中并没有关于秦始皇是否喜爱他的记载，只知他在秦始皇三十五年（前212年）因为反对秦始皇坑杀儒生术士而被发配到上郡做了蒙恬的监军。从这一举动可以看出，秦始皇对于扶苏反对自己的政策是非常生气的，不惜将其贬到边塞之地，而且根据春秋时期晋献公的故事，晋献公为了立骊姬的儿子为太子，将原来的太子发配到了曲沃，其他儿子也全部发配到晋国的边境，只留下骊姬的儿子在国都。秦始皇发配长子扶苏到边塞之举和晋献公的故事有相似之处，似乎也在说明秦始皇已经不属意于让扶苏继位了。
对于胡亥，史书非常清晰的记载了秦始皇非常喜欢他的这个“少子”，并且准许单独带他参加了第五次巡游。而根据《北京大学藏西汉竹简》中的《赵正书》所载，胡亥继位得到了秦始皇的认可。这些似乎在说明胡亥才是秦始皇选择的继承者。
但是，史书的记载对此有很大的出入，尤其是始皇临终前给扶苏的遗命：“与丧，会咸阳而葬”，让很多人认为这就是始皇决定让扶苏继位的遗命。因此，由于史料记载的混乱，现在的我们已经很难判断秦始皇究竟是属意与扶苏还是胡亥了，但笔者可以提出一些自己的观点。
笔者依然倾向于认为秦始皇是要选择扶苏为继承人的，理由主要有三点。首先，《赵正书》的记载仅是一家之言，无法作为定论。《赵正书》的成书年代在西汉，同为西汉人的司马迁应当也是看过此书或者说接触过始皇同意立胡亥为太子这种说法的，但司马迁并没有采纳这种说法，说明他认为这种说法并不可靠。其次，胡亥和赵高逼杀了扶苏以及秦始皇的其他子女，如果胡亥的皇位来的名正言顺，为何他要如此大开杀戒？仅仅是为了巩固皇位这种理由是不够充分的，这说明胡亥的皇位的确是来源不正。最后，发配扶苏去边疆并不意味始皇放弃了扶苏，要知道扶苏是作为蒙恬的监军，而蒙氏是始皇非常信赖的家族，如若始皇不想立扶苏，那为何要让扶苏接近有军权在手的蒙恬呢？
因此，笔者认为，始皇起初在对于继承人的问题上是倾向于扶苏的，只是由于扶苏反对他的政策，所以始皇一怒之下将扶苏发配到上郡监军，目的可能是惩罚扶苏，同时也是为了历练他。当然，始皇也很喜欢少子胡亥，所以会带他出去巡游，然而让始皇没有想到的是，自己会死在第五次巡游的路上，因此他对扶苏的安排来不及完成，所以只能在临终前下一道让他回咸阳的遗命，本意也就是让扶苏继位。结果这个意外的出现给了赵高进行政变的机会，他利用手中的权力成功扶持了胡亥登基。
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