崇德元年(1636年)，皇太极改文馆为内三院，职掌记注皇上起居、诏令，收藏御制文字，只要是皇帝用兵、行政事宜，编纂史书，撰拟郊天告庙祝文及升殿宣读庆贺表文，纂修历代祖宗实录，撰拟矿志文，编纂一切机密文移及各官章奏;掌记官员升降文册，撰拟功臣母妻诰命印文，追赠诸贝勒册文。
内三院实际上只是皇帝的机要秘书班子兼顾问集团，并不具有政府的职能，当时也没有建立起类似明朝内阁那样的票拟制度。在入关以前，内三院并不具有较高政治地位。
清定都北京后，任职内院的大学士们开始承担一些票拟事务，内三院从而具有了部分政府职能，这在客观上加速了清廷从统治东北一隅的地方政权到治理全国的中央政府的转变。
然而，当时内三院所票拟的大多是无关痛痒的“官民奏闻之事”，对朝廷“用人行政”却无发言权，这就不能不使部分推崇明制的汉族大学士感到失望，故而大学士冯铨、洪承畴对清廷权力分配发出不满之辞。
顺治十五年(1658年)，清廷正式改内三院为内阁，使其成为名副其实的政府机构。然而，即使如此，清初内阁仍然不能和明朝，尤其是晚明内阁相提并论。
康熙帝亲政以后，重新将内三院改为内阁，内阁负责处理日常政务的职能进一步明确下来，随之而来，内阁权力有所加强，因而出现了明珠、徐元文、李光地等在朝中有一定影响的大学士。
然而，明珠等人绝不可能危及皇帝的绝对权威。具有明确权力意志的康熙皇帝始终坚持将政务大权牢牢控制在自己手中，康熙帝称：“今天下大小事务皆朕一人亲理，无可旁贷。若将要务分任于人则断不可行”。
各房分工
典籍厅
典籍厅是内阁的秘书部门，学士10人(满6人，汉4人)、典籍6人(满、汉、汉军各2人)，供事22人。此外侍读学士、侍读、中书等兼在典籍厅办事者，由大学士派委，无定员。其办事之所，分南、北两厅。
南厅职掌有四：
(一)掌关防。内阁无印，对外行文，用典籍厅关防。
(二)收发及办理文稿。各衙门来文，直送两厅，再按事务性质分送各房。
(三)官员考绩事务。负责对侍读、典籍、中书等官的考绩。
(四)管理“吏役”事务。考取助理事务的“供事”及管辖皂役等事。
北厅职掌也有四项：
(一)掌奏章。拟办陈事请旨之奏本及进贺表等。
(二)办理大典事务。即关于大典礼的筹备应办事项。
(三)用宝洗宝。请用国家宝玺及岁终封宝日洗宝事务。
(四)收藏红本图籍，并收贮表章等。
满本房
有侍读学士2人，侍读4人，中书39人，贴写中书24人，供事3人，共72人(均为满员)。满本房掌校阅题本的满文部分，管理内阁大库及皇史宬的收藏事务。如收贮实录、圣训、起居注、史书、方略及经略将军的印信等物。收发和每日向皇帝进呈实录，增修王公世爵谱册以及缮写各项满洲文字。主要职责有五项：
(一)校阅满文题本。各省题本由汉本房照黄贴翻译成满文后，交满本房中书缮写，侍读学士、侍读等详细校阅后，交汉票签处拟草签。
(二)掌实录库及皇史宬之收藏。实录库所藏实录、圣训、起居注、史书等以及皇史宬所藏实录、圣训、本纪、方略、玉碟与经略将军印信等。
