野蛮民族的入侵！（西方学者的说法）
因为还是游牧民族的女真人（清朝满族是其后代）攻破了它，对游牧民族来说能进入封建制度的社会已近是一大进步了。故中国的资本主义萌芽又被拉回来。
没有被抹杀呀
虽然遭到明末战乱的冲击，但在清鼎盛时期，江南长三角地区的资本主义手工业还是得到了很大发展呀，而且无论在工场规模，还是资本积累都远远超过了明朝
一种先进生产力的萌芽，怎么可能被完全扼杀呢？
为什么中国没有进入资本主义？这么问好像中国缺了什么似的，其实你要是把眼光放得更广阔一些，你就会发现：只有欧洲发展出了资本主义，世界其他地区都没有，无论是印度还是阿拉伯，非洲还是俄罗斯。那么这个问题就会变成：为什么只有欧洲进入了资本主义？这样一来，你就会发现，没有发展出资本主义是正常的，只有发展出资本主义的欧洲才显得那么与众不同。
资本主义是文明发展的特例。
一种文明，一旦发展成熟，就会稳定在这个状态上，不再继续前进。文明发展最早的埃及，从公元前3800年建国后，社会形态始终没有改变，一直是奴隶制度，一直到公元前300多年被马其顿灭亡，始终保持自己的社会体系，没有进一步向封建制度转变。
美洲印第安人，始终保持自己的氏族社会形态，尽管出现了玛雅、阿兹特克、印加等国家文明，但是却始终没有进入奴隶社会，其中玛雅和阿兹特克还从建立国家又退回氏族社会。阿拉伯文明也是这样，一旦建立政权，始终没有进一步发展。中国从秦始皇统一全国后，社会形态也稳定了下来，没有必要进一步发展。
发展不是一个文明的第一需要，稳定才是。这就象一个人，为什么大多数人都没有长到姚明这么高呢？因为对于人的生理需要来说，也是稳定第一，长到姚明那么高是不需要的。
于是，问题就变成了：为什么其他文明都很快的就在适合自己的社会形态上稳定了下来，而只有欧洲没有稳定下来，而是突破了稳定，发展出了资本主义呢？
我们知道，中世纪欧洲是个非常注重出身的社会，你的出身就决定了你的社会地位，这种地位是几乎无法改变的，而且会子子孙孙的延续下去。
国王必须要由有王室血统的人来担当，如果一个国家王位空缺，即使从国外引进一个王室血统的人来当国王，也不能让国内没有王室血统的人来当。这种极端的等级森严，是欧洲维护社会稳定的一个传统，但是这种传统无疑是饮鸩止渴，因为社会底层的数量越来越多，他们在这种社会形态下没有任何出路，他们唯一的希望就是彻底摧毁这种社会形态，因此当上层的数量无法控制下层时，社会基础就会崩溃。
有人说，谁说欧洲等级森严？青蛙不是一样可以娶公主么？别忘了，青蛙被变身前是什么人？是王子。
印度社会为什么稳定？虽然印度的种姓制度也等级森严，婆罗门、刹帝利、吠舍和首陀罗不能通婚，但是印度处于最低等级的首陀罗人数并不多，最多的是吠舍，对于吠舍来说，还有首陀罗比他们更糟糕，因此他们追求平等的动力自然不强，因为他们不想让首陀罗和他们平等。
相比之下，中国不是一个等级森严的国家。朝为田舍郎，暮登天子堂一直是中国文人的理想，并且多次被中国历史上的君主和文人所实践，比如脍炙人口的三顾茅庐的故事，比如秦穆公用5张羊皮换回百里奚的故事，陈胜更是早在2000多年前就喊出了王侯将相宁有种乎的口号。
因此中国社会实际上是出了皇帝，其他人基本平等的社会，这种平等不是说社会地位平等，而是说每个人都有机会改变自己的社会地位。有人靠读书，有人靠买官，有人靠造反，有人靠招安。这样，大家的心思就集中在了改变自己的社会身份上，即使自己无法改变，也可以寄希望自己的后代改变，而不会集中到改变社会形态上，中国社会因此达到超级稳定。
你说的资本主义萌芽的问题，不过是中国学者套用马克思的社会发展观，生拉硬拽出来的。中国信仰马克思主义，自然要用马克思主义学说来套中国的历史。马克思说社会是沿着原始社会、氏族社会、奴隶社会、封建社会、资本主义社会发展来的，咱们的学者自然要在中国找出原始社会、氏族社会、奴隶社会、封建社会，实在找不出资本主义社会怎么办？至少要弄出点萌芽来啊。
实际上真是这样的么？除了欧洲，全世界哪个社会是沿着这个道路走的啊？日本有奴隶社会么？阿拉伯有么？印度有么？美洲印第安人有么？南部非洲有么？怎么全没有奴隶社会？中国有么？有人说夏商周是奴隶社会，证据呢？夏朝史料不足，暂且不论，商朝的战俘都用来祭祀了，什么人是奴隶？中国到明清时期还有奴隶呢，那么奴隶占多大比例才算奴隶社会？有什么证据证明商朝和周朝超过了这个比例？老马说人类社会要经历资本主义，这没错，但是我们国家这些可爱的学者，非要说我们中国也会自动发展出资本主义，就实在没道理了。
承认中国不会自行发展出资本主义，没什么可丢脸的。
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