日本原来并不叫日本。在古代日本神话中，日本人称其为“八大洲”“八大岛国”等。据《汉书》《后汉书》 记载,我国古代称日本为“倭”或“倭国”。公元五世纪，日本统一后，国名定为“大和”。因为古代日本人崇尚太阳神，所以将太阳视为本国的图腾。相传在七世纪初，日本的圣德太子在致隋炀帝的国书中写道：“日出处天子致日落处天子”，这就是日本国名的雏形。直到七世纪后半叶，日本遣唐史将其国名改为“日本”，意为“太阳升起的地方”，其后沿用，成为日本的正式国名。《新唐书·日本传》中有记载：咸亨元年（670年），倭国遣使入唐，此时倭国已“稍习夏言，恶倭名，更号日本。使者自言，因近日出，以为名。”此外，在汉语中，“扶桑”“东瀛”也是日本国名的别称。
今天的日本关西地区是大陆人血统占主导地位，而关东地区则有相当数量的海岛基因，但也依然以大陆人的血统为主。所以今天的日本人在血缘上与韩国人是十分接近的
根据DNA检测，日本人与韩国人的Y染色体DNA单倍型类群，像是高比例的单倍型类群O-M176及一定比例的单倍型类群C-M130都具有极高的一致性。
单倍型类群O-M176在中国却并不常见，因此中国和日本更多的是文化上的交流，而不是基因。
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