日本列岛上被确认过的人类历史，大约可追溯到10万年乃至3万年前。在约3万4千年前，从日本列岛华北地区传来被称呼为小刀型石器的石器，在列岛全区被广泛的使用，但在约2万年前由西伯利亚过来新的称呼为细石刀片的石器主要在东日本传开。
伴随着从东亚迁入日本的渡来人，日本在弥生时代初期出现陶器、铁、铜器以及水田等文化，逐渐成为一个农业社会，同时一些如奴国等的小国也开始与中国发展外交关系。
587年，豪族苏我氏的头目苏我马子击败物部守屋，又在592年暗杀崇峻天皇、立女皇推古天皇为帝，圣德太子摄政，日本进入飞鸟时代。
710年，元明天皇迁都平城京，日本进入奈良时代，律令制国家也日益成熟。大和政权的版图在这时也逐渐扩张，征服东北地方部分地区和南九州。
平安时代末期，出现以东国为势力范围的源氏和以西国为势力范围的平氏两个庞大的武家势力。平氏被赶出京都，将朝廷迁往福原京，之后于1185年在坛之浦之战中彻底覆灭。
1192年，武家首领源赖朝被封为征夷大将军，创建镰仓幕府，并展开幕府统治，开始日本600多年的幕府时代。
1867年末代江户幕府将军德川庆喜迫于情势主动大政奉还，以明治天皇为首的新政府正式成立，江户时代结束。
1894年8月1日，中日两国互相宣战，甲午战争正式爆发。1895年2月，清军溃败，清廷被迫派李鸿章代表清廷向日本求和，并以战败国身份在日本威逼下签订了条件苛刻的不平等条约《马关条约》。
日本于1910年并大韩帝国入版图，是为日韩合并；并在第一次世界大战中投向协约国，向同盟国宣战，以获得德国在中国山东半岛的殖民地。1914年9月，日本向德国宣战，发动青岛战役，11月攻占青岛。
1931年，日军发动九一八事变，入侵中国东北，扶植傀儡国家满洲国；再于1932年，在上海发动一·二八事变。1941年12月，日军偷袭夏威夷的美军基地珍珠港，并正式向美国、英国和荷兰宣战，同时开始进军东南亚等太平洋地区。
从1945年9月2日战败到1952年4月28日《旧金山和约》生效期间，日本被盟军军事占领，由美军为首的驻日盟军司令部（GHQ）统治，实行财阀解体政策，对垄断资本进行大规模重组；日本除了失去所有属地，也暂时被迫移交小笠原诸岛与琉球（原冲绳县）予美国军政管理。
进入21世纪初期，日本经济透过往新兴市场出口出现小波段复苏的伊邪那美景气，但是2008年发生全球金融海啸，索尼和丰田等指针性大企业纷纷出现巨大亏损。
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