1956-1957年国家批准开始挖掘明十三陵的定陵地下玄宫，1958年，郭沫若、吴晗等打开了定陵，里面有万历皇帝和他的两个皇后的尸骨以及随葬物品，随葬品众多震惊世界。专家们对万历皇帝的尸骨进行整理时发现了一个重要的特征，万历皇帝的右脚明显比左脚短不少，万历皇帝的有严重的足疾，不能走路。这是万历皇帝28年不上朝的原因之一。（万历皇帝骨架图）
1966年“文化大革命”期间，因为批斗“牛鬼蛇神”，万历皇帝和他的两个皇后的尸骨被焚烧，金丝楠木棺材烧不坏，被扔到了山沟里面，是国家的重大损失。
万历皇帝28年不上朝是不是因为足疾？通过考古挖掘，直接证明了万历皇帝有足疾，不能走路，这是他不愿因上朝听政的主要原因之一。还有其他原因也促使万历皇帝不上朝的，足疾并不是唯一重要的原因。（万历皇帝像）
一、张居正后时代，万历帝怅然若失。
万历皇帝少年登上帝位，前十年主要是张居正主持朝政，大太监冯保和皇太后支持监控。张居正开始大刀阔斧的改革，主要是“一条鞭法”：赋税和徭役进行合并，化繁为简；统一役法，摊丁入地；田租征银；官收官解。这一措施缓解了明朝前两代皇帝时期产生的弊端。在军事上已经基本消灭倭患，调戚继光在北京的正北方，李成梁在东北方向，国家形式一片大好，史称“万历中兴”。（张居正剧照）
1582年，张居正病死了。万历皇帝亲政，张居正得罪了很多利益集团，他们弹劾张居正，同时万历皇帝长期在张居正的阴影下生活，需要建立自己的君权威望。他先后查抄了大太监冯保和张居正，在冯保家查抄了大量的财富，在张居正家里也没有得到多少银两，万历皇帝怅然若失，长期依靠张居正，现在依靠也没有了。
二、文官制度和“国本之争”。
张居正在位时，文官们都在他的把控之中。万历帝亲政了，要自己面对。明朝的文官制度，在封建道义上牵制皇帝，对万历皇帝的事情管得很宽，万历皇帝也比较和善。最后发展到在朝堂上与万历帝吵架，万历时期的内阁首辅申时行著有《召对录》，里面记载，万历皇帝身体不适，不适宜参加众多的朝政活动，言官和大臣大臣指责万历皇帝，万历皇帝曾经做过解释，但是仍得不到文官们的谅解。一个大臣指责万历贪酒好色，万历皇帝也就是免了他的职务，让他回家而已，碰上一个稍微厉害的君主估计差不多处死了。（郑贵妃像）
万历皇帝打算立郑贵妃的儿子福王朱常洵为太子，主要考虑是太子朱常洛为宫女所生，在朝堂上也没有什么势力支持他，万历皇帝担心一旦朱常洛登基，恐怕把控不了朝政，对大明王朝发展不利，其中也有宠幸郑贵妃的关系在内。而福王朱常洵在外廷的支持势力比较大，继承大统好控制朝局。
万历皇帝这个想法主要是从国家的大局出发，立太子。朝堂上的文官们抱着“立长不立幼”的封建道统，与皇帝进行力争，太子之争长达15年，这也直接导致万历皇帝开始不上朝了。
三、军权、财权和用人权控制在手。
因为立太子的事情，万历和内阁争执了15年之久，万历皇帝开始不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。别以为万历皇帝什么都不管，军权、财权、用人权这些主要的权利万历皇帝都控制在自己手上，别人根本不能插手。至于朝堂上的鸡毛蒜皮小事，由文官们打理就行了，他也懒得理会。
万历年间的三大征。万历皇帝也是亲力亲为，1592年西北的宁夏之役、1599-1600年西南的播州之役、1592-1598年东北的朝鲜之役都取得了胜利。有人说花了很多钱，损失了很多人，伤到了明朝的根本，这样说是不负责任的，三大战役的钱都是万历皇帝搜罗的私钱拨发的，没用户部的钱。此外，内忧外患来了，不打肯定亡国更快。日本的丰臣秀吉，就是知道万历皇帝多年不上朝，以为万历皇帝是个菜鸟，没想到是一条猛龙，当头一棒，直接导致日本200多年没敢侵略朝鲜和中国。（朝鲜之役图）
万历皇帝大局把控还是非常好的，萨尔浒战役失败，也是晚年的万历不能掌控的了。
万历28年不上朝的明朝。有人曾经说，明朝亡国实际上是亡于万历，我看不然。立太子这样一件事情，万历皇帝的眼光绝对要比大臣们的眼光要长远，文官大臣们极力拥立的朱常洛，做了一个月皇帝就不明不白的死了，自己的儿子朱由检即位，魏忠贤掌握朝政专权，这也应了万历帝当时的担忧。
文官们结党营私，什么东林党、浙党、昆党等，都对明朝国家的发展造成了很坏的影响，实际上和阉党专政没有多大区别，只是更加隐晦罢了。朝廷官员结党是国家政局的不稳定因素，自古以来都是有据可考察的。
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