（一）首次交锋：见证历史的时刻
在康熙22年（公元1683年）的一个六月午后，清军统帅施琅正站在战船上，为即将发动的攻击做着最后的准备。此时，晴空万里，夏日的阳光洒在大海上，波光粼粼。
他的部下们跃跃欲试，但也有人担忧六月多南风，出师不利。其中一位部将忍不住说：“大家都说南风不利，现在已经是六月了，还要出师吗？”施琅却信心满满地回答：“夏至前后二十多天，风微，夜尤静，正是我们大军出海作战的好时机。
我们只要抓住时机，七天之内就能夺取胜利。即使遇到台风，那也是天意，非人所能预料。郑氏诸将中刘国轩最勇猛，如果他守在达湖，我们即使失败，他也会再来挑战。
现在刘国轩已被派守澎湖，我们只需击败他，将不战而降。”
说罢，施琅于当月14日率军起航，派蓝理为先锋，直奔澎湖而去。而郑将刘国轩依据常规判断，认为清军不会在六月出兵，故未加戒备。
当清军突然出现在澎湖海面时，刘国轩这才下令紧急部署防御。这时，部将邱辉、黄良翼等提议趁清军立足未稳，利用夜暗潮落，以精铳舰船突袭敌舰队，定能取胜。
于是，双方在16日展开了一场激战，炮火连天，舰船冲撞。
施琅见到蓝理的先锋舰船被郑军围攻，立刻率领吴英等前来解围，却也陷入了被围攻的险境。
在战斗中，施琅受伤，箭头划破了他的脸颊，鲜血染红了头巾。蓝理也受了重伤。就在这千钧一发之际，清金门镇千总游观光的战船赶来助战，施琅等人才得以脱困，退出战斗。
刘国轩看着清军撤退，心想台风即将来临，便未率军追击，错过了歼击清军的良机。
(二) 澎湖海战：双方决战的激烈时刻
在经历了初战失利后，清军将领施琅汲取教训，针对郑军船只较少而自己船只较多的情况，采取了五船为一队、攻击敌方一艘船的战术，准备再次交锋。
清军在十七日占领了八單水道以南的虎井、桶樹等岛屿，十九日，施琅亲自率领部下将领对郑军腹地进行侦察。
二十一日，施琅指挥清军百船分列东西，分头对郑军发起进攻。
二十二日一大早，清军分三路开始总攻，展现出磅礴的军事气势。
清军按照五船攻击敌方一船的战术，各自为战，直取郑军核心娘妈宫。
郑军统帅刘国轩站在山顶上一览清军阵势，立刻命令部下迎战。于是双方在海上展开了空前规模的澎湖大决战。虽然郑军船只较少，但装备精良，威力巨大。战场上，双方炮火、矢石如雨般密集，烟雾弥漫，遮蔽了天空。
激战中，清军总兵林贤、朱天贵率先冲锋陷阵，朱天贵战死沙场。士兵们奋勇冲击，从早晨一直战斗到午时，焚烧敌方船只百余艘，溺死无数敌军。郑军的邱辉、曾瑞、黄德、昊逊、昊福、王受等船只均被击沉。刘国轩虽然顽强指挥部下将领拼死抵抗，但因兵力悬殊且伤亡惨重，许多船只被俘。
眼看大势已去，刘国轩只得带领残兵败将乘30艘战船从北吼门撤退至。而娘妈宮炮垒等岛上的郑军400余人全部投降。这场战斗，清军仅损失320名死亡、180余名伤员。这场澎湖海战，为清军统一奠定了胜利的基础。
（三）归降：悬念重重的抉择
澎湖战败的消息传来，郑氏集团的众人都感到了一阵寒意。面对这个岔路口，该投降还是另寻新家？意见之间争议不断。
就在这时，康熙帝再次伸出橄榄枝，希望郑氏投降，保证待遇优厚。他下旨宣布：“皇皇渝旨，炳如日月，联不食言。”这话可谓言简意赅，让人信服。
大将刘国轩力主投降，他认为：“揆之天时、人事，悉已顺于清朝，若不见机，恐有不测，反为大丈夫之羞。”于是，在六月初八日，郑氏派使者前往澎湖，向施琅求降。
终于，在八月十一日（阳历10月1日），施琅率领的军队抵达鹿耳门。郑克塽带领部下剃发降顺，亲自迎接施琅，并交出延平王金印。就这样，终于平定了。
为了加强对的治理，清廷听取了施琅和大学士李尔等人的意见，设立了“县三、府一、巡道一”，分管全岛事务。同时，“设总兵一、水师副将陆营参将二、兵八千；澎湖设水师副将一、兵二千。”
随着清廷对的统一，这片土地迈入了一个新的历史阶段。
