东晋孝武帝太元二年(377年)，由于前秦已一统北部中国，东晋王朝受到空前的军事压力，因此诏求良将镇御北方。
当时的重臣谢安遂任命其侄子谢玄应举。朝廷任命谢玄为建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事，镇广陵。其时广陵和京口聚居着大量逃避北方战乱而来的流民，谢玄到任后，在这些人中选拔骁勇士卒如刘牢之等，建立了一支军队。
太元四年(379年)，谢玄改镇京口，因为当时京口又名北府，故而其军得名北府兵。太元八年(383年)，北府军在淝水之战中一举击败前秦大军，乘势追击，刘牢之一度追到邺，北府军从此一战，史上留名。太元十二年(387年)，谢玄被解除了北府军的领导权，司马恬、王恭先后代之，北府军军阀化。晋安帝隆安元年(397年)，王恭率北府军起兵反晋，次年刘牢之杀之，代之为北府军领袖。
此后北府军主要致力于镇压孙恩、卢循的天师道起义军。晋安帝元兴元年(402年)，北府军奉命征讨在荆州割据的桓玄，刘牢之随即投降桓玄，桓玄入主建康后削减刘牢之兵权，刘牢之意图起兵对抗桓玄，然由于投降桓玄早已丧失人心，众叛亲离下自杀。元兴三年(404年)，恒玄称帝，原北府军参军刘裕率余部在京口起兵反抗桓玄，并杀之。此后，北府军成为刘裕的军事支柱。420年，刘裕称帝，建立宋，北府军成为其皇家军队的主力。
作用
谢安组建北府兵除了抵御北方强敌的入侵，还有一个目的，就是要改变扬州“权重而力弱”的局面。
孝武帝宁康三年，桓冲把扬州的事权让给谢安，自己出任都督徐、豫、兖、青、扬五州诸军事、徐州刺史，出镇京口。翌年，谢安欲以孝武帝后父王蕴为方伯，“乃复解冲徐州，直以车骑将军都督豫、江二州之六郡军事，自京口迁镇故孰”。太元二年，镇守荆州的桓辖死，桓冲还督江、荆、梁、益、宁、交、广七州军事、荆州刺史。谢安使桓冲从京口退至故孰，再退至桓氏根据地荆州，主要是借用了褚太后与王皇后的权柄。
为了从根本上改变没有军事依托的状况，谢安令玄在广陵组建北府兵。组建之初，桓冲坐镇荆州，仍以四方镇杆为己任，还瞧不起扬州的力量。淝水之战时，冲“深以根本为虑，乃遣精锐三千来赴京都”，认为谢氏不顶用，结果出乎意料。桓冲死后，荆、江二州守宰并缺，谢安仍以桓冲侄桓石民镇荆州，桓石虔镇豫州，改任桓伊为江州，“即以三桓据三州，彼此无怨，各得其所”。朝廷出现了难得的安定局面，固然与谢安处置有关，但与北府兵的平衡力量也不无作用。
一个更明显的事实是，北府兵建立前，往往是镇守荆州的镇将轻易起兵反叛中央，北府兵建立后，荆州镇将必须与镇守京口的北府兵将领联合起来才能成功。晋安帝兴元元年，荆、江州刺史桓玄反叛，由于收买了都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵军事，南兖、南青二州刺史刘牢之而获得成功。而后刘裕击灭桓玄恢复晋室，最终又取晋帝而代之，都是依靠了北府兵为骨干力量。
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