327年，野心家历阳(安徽和县)镇将苏峻、寿春(后改称寿阳，安徽寿县)镇将祖约以杀庾亮为名，率叛军攻入建康。幸得陶侃、温峤起兵救援，329年，击破苏峻祖约军。王导又执政，东晋朝又算危而复安。庾氏势力不得专擅朝政，转移到上游，宣称以北伐中原为己任，企图建立起自己的根基。庾亮庾翼兄弟相继镇守武昌，占有了东晋朝重要领土的一半。345年，庾翼临死，让他的儿子继任，开藩镇世袭的恶例。东晋朝廷不允许他的要求，是合理的，但用桓温去驱逐庾氏势力，东晋朝又出现篡夺事件。
桓温是当时最有才干的野心家。他做了荆州刺史以后，积极对外发展。347年，桓温灭成汉国，收复蜀地，威名大振。东晋朝廷疑惧，引用虚名甚大的清谈家殷浩参与朝政，专和桓温作对。桓温伐前秦伐前燕，都遭致失败，损害了他的实力和威望，在王谢两大族抵制下，桓温篡夺的野心未能实现。373年，桓温死，东晋朝又算危而复安。
桓温死后，谢安执朝政。桓温弟桓冲做荆州刺史，与谢安同心保护帝室。东晋朝内部出现前所未有的和睦气象，是和谢安完全继承王导力求大族间势力平衡的做法分不开的。谢安的做法是;镇之以和静”。383年，晋兵大破苻坚的南侵军。谢安乘前秦崩溃，使谢玄等率诸将北伐。384年，收复徐、兖、青、司、豫、梁六州。385年，猛将刘牢之进入河北名都邺。东晋朝建立以来，这是最大的一次战胜扩地。取胜的重要原因之一就是内部和睦，有些力量可以对外。
谢安立了大功，内部和睦状态又开始破坏。当时的皇帝是整天酒醉昏迷的晋孝武帝。他重用同母弟会稽王司马道子。司马道子也是一个整天昏醉的酒徒，引用一批奸人作爪牙，合力排斥谢安。385年，谢安病死，朝政全归司马道子。司马道子委任儿子司马元显当政。帝室间晋孝武帝和司马道子兄弟争夺权力，司马道子司马元显父子争夺权力，同时帝室与大族间也展开权力的争夺。398年，京口镇将王恭联络藩镇殷仲堪、桓玄、庾楷等起兵反帝室。王恭被杀，藩镇推桓温的儿子江州刺史桓玄为盟主，形成大族推翻帝室的中心力量。
司马道子父子当权，贪污奢侈，政治败坏到无以复加的地步。早在司马道子当权的初期，儒生范宁就说当时边境上没有战事，国家仓库却空匮无物，民众服徭役，一年里几乎没有三天的休息，生下儿子不能抚养，鳏夫寡妇不敢嫁娶。好比在着了火的柴草上睡觉，国家危亡就在眼前了。
司马道子父子一伙人当权十多年，受尽苦难的东晋民众再也不能忍受这种恶政。北朝颜之推作《观我生赋》，自注说，中原士族随晋元帝渡江的有百家，因此江东有《百谱》。晋孝武帝时，贾弼之广集百家谱记，朝廷派人帮助贾弼之撰定《十八州士族谱》，共一百帙，七百余卷。贾弼之、贾匪之、贾渊祖孙三代传谱学。
贾氏《百家谱》抄本藏在官府中，有专人掌管，并且有专长谱学的人来辨别真伪，防止冒滥，如贾渊受伧人王泰宝的贿赂，冒入琅琊谱，经王晏揭发，贾希镜几乎被齐明帝杀死。这一百家人才是享受政治权利的士族，后来渡江的北方士族，被这百家人呼为伧，不得享受同等的权利。东晋政权主要是这一百家的政权，西晋士族的全部腐朽性，也主要由这百家移植到长江流域。
依靠大族支持和民众容忍而存在的东晋朝，在统治集团内部分裂和民众起义反抗的情况下，不得不归于崩溃。东晋是门阀政治发展的鼎盛时期，皇权衰落。司马睿称帝有赖于南方官僚士族的拥戴，东晋政权建立之初，先后平息了王敦和苏峻之乱，统治趋于稳定。宗室、外戚和门阀大族王、谢、庾、桓先后共同支配着王朝政局。
