影响
积极
明末农民战争，就其规模之大和影响之深来说，是中国历史上著名的农民革命运动之一;在亚洲和全世界范围来说，也是一次罕见的大规模农民战争。同时，由于它发生的时代是中国历史上的一个重要时期，所以它有着鲜明的特点和重大的历史作用。
冲击旧秩序和旧制度
明末农民起义军和明清军队经过30余年的反复较量，推翻了明朝，打击了清朝，在中国农民战争史上占有重要地位，对推动社会历史发展起了一定的作用。虽然它同中国建社会历史上所有的农民战争一样，仍以失败告终。但明末农民战争时间之久、规模之大、斗争之 激烈、影响之深远，却为已往之农民起义所不及。
农民战争对于明代旧有的生产关系和封建秩序进行了猛烈地冲击与破坏，为清朝前期社会经济的恢复发展开辟了道路。继立的清王朝以明亡为借鉴，革除了明政府在政治、经济等方面的诸多弊政，采取了一些有利于社会生产的恢复和发展的措施,由此推动了中国社会的发展。
改变土地剥削关系
农民战争还改变了土地剥削关系，而且对城市工商业的发展也有一定的影响。李自成农民军还注意到城市工商业问题，在中国农民战争史上第一次提出;平买平卖”、;公平交易”的口号，保护工商业的发展，反映了城市工商业者的利益和要求。
李自成农民军第一次明确提出;均田”的口号，深刻触及到封建社会的土地问题，促进了农民自发地争取土地的斗争，对清代的农民起义有重要的影响。
推动史学界研究
明末农民战争通过侧面还带动了中国史学界对明清之际的研究，特别是是中共建国以来农民战争史研究领域中的一个重要的课题。三十多年来所出版的专著、论文和通俗读物，其数量之多，恐怕只有近代的太平天国革命才能与之匹比。
不仅在国内研究明末农民战争，而海外一些历史学家也热衷于此。
加强地区之间的文化交流
明清之际，李自成、张献忠等的西北农民武装转战南方，与此相随的西北戏曲作为"军 戏"同步播迁。粤东西秦戏与西北秦腔间的关联正出于此。
明末农民起义部队伴随战争流动而来的演剧活动，本身也是艺术共同体的大迁徙，一次地方戏曲声腔间的传播、更新与再融合。史料发掘表明，不仅明末农民起义部 队中存在大量的戏曲演出活动，而且从其间的士兵籍贯构成、演出剧目内容等要素可以推知，明末农民起义部队中演出的正是产生于西北地区的梆子腔。他们的演剧活动，客观上带动了地方戏曲声腔的传播，为清代花部戏曲的繁荣作出了实质性的贡献，也给中华戏曲艺术的生态更新提供了良好的历史契机。
消极
明末农民战争也带来了消极影响，亦有人指出农民战争不仅不是历史动力，它们对于社会、经济、文化的破坏，甚至比腐败、无能的统治阶级危害更甚。其实，一些农民起义沉重打击了人民群众。
破坏秩序
明末农民战争打乱了封建统治秩序，使得一个统一的明王朝灭亡。旧有的秩序被打破，在以后十几年的岁月里，让中国再也无法统一组织起来对抗清军的入侵，最终导致农民军和南明军一起被清军消灭。后来的清朝由于社会矛盾复杂，为了巩固自己的统治，同时防范广大汉人的反抗，统治秩序越来越保守、死板，甚至出现剃发易服的文化断层。
破坏生产力
明末农民战争的作用也是消极的，农民战争持续了近20年，不仅对明王朝就有的制度和的统治秩序造成了重创，也破坏了战区内各地的农业生产和发展。明末农民战争的战场，一方面人口伤亡众多，农业生产环境遭到破坏，农业再生产链条断裂。
大规模的农民战争之后，社会生产力长期处于停滞衰落的状态。还出现了分裂割据，社会生产力遭到长期的破坏，且没有推动生产力。
明末农民军较之历朝农民军，并无过人之处。
破坏文化
农民军所过之地，当地的士绅和儒士都受到不同程度的冲击，部分私人收藏的图书，和书院馆藏的史料典籍都遭到破坏。有的散佚甚至是尽毁。
