背景
在王敦之乱中，苏峻在太宁二年(324年)王敦进攻建康时曾出兵帮助朝廷军抗击王敦。故此战后因功升任使持节、冠军将军、历阳内史、加散骑常侍，并封邵陵公。苏峻因有功于国，渐渐拥有很高威望，而且有精兵万人，武器亦精良，是江北一个强的军事力量。但苏峻却因而骄纵，更加收纳亡命之徒和隐匿逃亡的罪犯。其中于咸和元年(326年)时，中书令庾亮诛除了意图作乱的南顿王司马宗，其党羽卞咸的哥哥卞阐逃亡到苏峻处，庾亮虽然命苏峻送还卞阐，但苏峻竟没有听命。庾亮因而认定苏峻必为祸患，终会叛乱。
另一方面，祖约亦曾参与讨伐王敦，并镇守寿春，防卫北方。但祖约因为认为自己名气和资历都不在郗鉴和卞壸之下，却未能成为明帝所命的辅政大臣而一直耿耿于怀，更认为是庾亮篡改遗诏的结果。咸和元年(326年)后赵石聪进攻寿春，祖约向多次朝廷求援但都不获派兵支援;及后石聪被苏峻所派的韩晃击退后，朝廷却在打算修筑涂塘作防御用。祖约因而觉得是朝廷抛弃了他，十分愤恨，更有怨言。
经过
征召致叛
咸和二年(327年)，为解决苏峻的隐忧，庾亮决心征苏峻入朝 ，认为即使真的将他逼反，也是小祸;反而数年后才让他作乱，那苏峻力量会发展到强得难以压制。但当时朝中众人都不同意庾亮，光禄大夫卞壸反对声音最强，认为不能操之过急。与庾亮关系良好的温峤亦多次写信劝止庾亮，但庾亮都不听。苏峻听闻庾亮的打算，于是派司马何仍向庾亮转述自己不愿入朝任职的意愿，但庾亮拒绝，更命监淮北军事的郭默为后将军、领屯骑校尉;弟弟庾冰为吴国内史，用以防备苏峻。
随后朝廷便下诏要召苏峻为大司农 ，加散骑常侍，位特进。并将兵众交给其弟苏逸统领。苏峻及后上表要求让他改镇青州一荒郡，但庾亮不准。苏峻知道不能改变，但担心庾亮这次其实是要加害他，在赴召的犹豫间，参军任让建议苏峻起兵。同时阜陵县令匡术亦劝苏峻起兵，苏峻于是不应命。
苏峻亦知祖约怨恨朝廷，于是派参军徐会去推崇祖约，并请他与他联手讨伐庾亮。祖约知道后十分高兴，谯国内史桓宣知道劝阻，但祖约不听，及后便派侄儿祖涣和女婿许柳与苏峻会合，正式起兵。
朝廷抵抗
温峤知道苏峻不应命后，便立即打算率兵入卫建康，同时三吴亦有义兵;但庾亮都不许，更答复温峤不要赴京。后任命卞壸为尚书令、领右卫将军，会稽内史王舒行扬州刺史事，吴兴太守虞潭督三吴等诸郡军事;以防备苏峻。尚书左仆射孔坦和司徒司马陶回向司徒王导建策，建议在苏峻未来到以前阻截阜陵并守当利口，令苏峻军不能渡江，并可借朝廷兵多而一战决胜。又言即使苏峻不进攻，守军亦能进逼历阳，但一旦苏峻先到，人心就会惊慌，难以与苏峻抗衡，请求把握时机。王导虽然同意，但决策的庾亮不接纳。不久苏峻将领韩晃和张健攻陷姑孰并夺取当地盐米，庾亮才后悔。
随苏峻军逼近，京师戒严，庾亮假节都督征讨诸军事，庾亮弟庾翼白衣领数百人守石头城，又命左卫将军赵胤为历阳太守，又命左将军司马流守慈湖，用以对抗。另一方面宣城内史桓彝亦领兵反抗苏峻，在芜湖击败苏峻别军并进据芜湖。徐州刺史郗鉴亦打算领兵南归保卫建康，但庾亮以防备北方为由不允许。
温峤于次年进屯寻阳，但司马流在慈湖被韩晃击败被杀，桓彝随后亦于芜湖被韩晃击败，退守广德。苏峻则进一步逼近建康，抵御的军队多次都战败。咸和三年(328年)二月，苏峻即将到蒋陵覆舟山，陶回预料苏峻将绕过重兵驻守的石头城，于是向庾亮建议派伏兵在小丹杨南道伏击苏峻军，但庾亮不听从。及后苏峻果然绕经小丹杨南道进攻，更在其间迷路，靠一个当地人作向导才得以继续前进，期间军队无阵形可言。庾亮知道后又后悔。
卞壸随后加都亮大桁东诸军事，与侍中锺雅领郭默和赵胤等与苏峻在西陵大战，但卞壸大败。后苏峻攻青溪，卞壸再率军拒击，但不能抵抗，卞壸力战而死。守云龙门的丹杨尹羊曼后与黄门侍郎周导和庐江太守陶瞻抵抗苏峻，但都战死。庾亮则领兵在宣阳门准备抵抗，但士卒尚未成阵就已弃甲逃走，庾亮不能战斗，唯有与三位弟弟和其他兵众出奔温峤驻守的寻阳。
苏峻入台
苏峻因庾亮失败而成功攻入建康，王导与光禄大夫陆晔、荀崧等官员都在正殿守护晋成帝，令攻进来的苏峻不敢上殿。但苏峻都在后宫抢掠，表现残酷而极为凶暴，又驱役百官，要他们负担登蒋山，亦裸剥士女，令他们被逼以草席或泥土蔽体，哀号之声震动全城。另尽掠库存的二十万匹布，五十斤金银，亿万钱和数万匹绢布。
苏峻及后让自己为骠骑将军、录尚书事，祖约为侍中、太尉、尚书令，许柳为丹杨尹，马雄为左卫将军，祖涣为骁骑将军。前一年被免职和降爵为弋阳王的司马羕向苏峻称述其功，令苏峻让他官复原职，并恢复西阳王爵。同时亦派兵攻吴国，吴国内史庾冰失利，逃亡会稽。苏峻于是派侍中蔡谟上任吴国内史。
讨伐军起
庾亮到寻阳后，宣太后诏，命温峤为骠骑将军、开府仪同三司, 加郗鉴司空。温峤以苏峻未平而不接受，同时打算起兵讨伐苏峻，又分兵给庾亮。庾亮和温峤本来互推为盟主而大家都推让不受，后因温充推荐征西大将军陶侃而决定二人共推之，并派督护王愆期到荆州通知陶侃。起初陶侃因自己没有被任命为辅政大臣的愤怨而拒绝，后虽在温峤多番劝请下答应，并宣布苏峻和祖约的罪状以及派龚登领兵与温峤会合，但不久即追还龚登并反悔。温峤唯有再度写信游说并以其子陶瞻之死刺激陶侃，最终才令陶侃感悟，自领兵温峤会合。而徐州刺史郗鉴所在的广陵粮少城孤，邻近北方外族政权，故此士民都无坚定守戍的意志。但郗鉴收到升任司空的诏书后即流涕誓师，要起兵讨伐苏峻，将士都争相要求参与。
陶侃到寻阳后，众人都称陶侃要杀庾亮以谢天下，庾亮感到害怕于是前去见侃并引咎自责，表现最终令陶侃释怀，反更欣赏庾亮，讨伐军于是齐心要进攻建康，平灭苏峻，西军遂起兵。同时王导以太后密令要三吴吏士起义兵援救建康，会稽内史王舒于是命早前逃亡到当地的庾冰行奋武将军，领兵一渡浙江，吴兴太守虞潭、吴国内史蔡谟和前义兴太守顾众都举兵向应。至此三吴的东军亦起兵。
两军对抗
咸和三年(328年)五月，苏峻知道陶侃领导的西军起兵后，听从参军贾宁的计谋，由姑孰退守石头城 ，分兵对抗西军各部。而东军则派管商、张健和弘徽等拒战，与虞潭互有胜负，相持不下。同年五月乙未，苏峻亦逼成帝迁到石头城 。毛宝及后领兵袭击迎纳苏峻米粮的祖约司马桓抚，夺取全部米粮，令祖约更加缺粮。郗鉴随后率众渡江与陶侃在茄子浦会合。及后就与陶侃以水军直指石头城。苏峻当时见在查浦的陶侃军和沙门浦的温峤军兵士众多，显得畏惧。
但另一方面，在广德的桓彝显得孤立无援，周边郡县都向苏峻投降，但桓彝坚决不降，后被韩晃击败并围困，最终城陷被俘杀。
东军方面，苏峻初曾赦庾亮诸弟以取悦众心，但仍派张健、管商、弘徽等人进攻。起初虽有小胜，但后来庾冰与顾飏皆被张健击败，令吴郡郡城被张健所掠。顾众与虞潭后亦被管商击败，分守吴兴及柴辟。后虞潭再于吴兴战败，吴兴郡的东迁、余杭和武康都因其军败退而被苏峻军抢掠 。虞潭派往吴县的督护沈伊亦败于管商。抵抗形势很不明朗。
而一众西路讨伐军逼近石头城时就打算作一次决定性战役，但陶侃认为苏峻兵强难以争锋，打算行持久战并以智谋击败他。后因多次交战都无大成果，更筑白石垒固守，由庾亮领二千守军据守。不久苏峻以万人来攻，但都不能攻破。陶侃于是命郗鉴和郭默还驻京口，建大业、曲阿和庱亭三垒分散苏峻军力。祖约则派遗祖涣和桓抚攻打在马头山的桓宣 ，毛宝领兵救援并成功击败对手，令桓宣解困并投归温峤。及后毛宝又于东关与祖约作战，攻破合肥戍。
此时，祖约诸将暗中勾结后赵，作为内应。后赵于是派石聪和石堪渡过淮河进攻祖约守的寿春。祖约被后赵军击败，逃奔历阳，而赵军则虏胁寿春二万多户人北归。苏峻心腹路永、匡术和贾宁知道祖约兵败后都感到害怕，于是劝苏峻尽诛大臣，改立心腹。但苏峻敬重王导，不肯接受。路永等因而对苏峻离心，反令王导有机可乘，派参军袁耽诱使路永归顺。王导及后试图救出成帝投奔义军，但因守备森严而失败，王导于是带二子与路永逃到白石垒。
讨伐军与苏峻军相持不下，而苏峻分遣诸将四出攻掠，令群情恐惧。但温峤始终无法击溃苏峻军，反倒兵粮食尽，唯有向陶侃借粮。但此举令陶侃十分不满，更声言要退回荆州。温峤便以汉光武帝在昆阳之战和曹操于官渡之战中以寡敌众作例子，认为都是因义而胜。又说苏峻因小胜而骄，一次挑战就可一鼓而擒之。又称如今犹如骑虎，不能中途下来，若陶侃逆众意返回荆州，人们会失望丧气，以至兵败，那不义之名就会在陶侃身上。后毛宝亦劝陶侃留下，更以夺敌粮为约，若失败陶侃才走。陶侃于是分粮给温峤。毛宝最终成功烧毁苏峻在句容和湖孰的积粮，令苏峻军缺粮，亦解决了陶侃离开的危机。
不久，苏峻派韩晃和张健攻郭默守的大业垒，当时大业垒正缺水，人都被逼饮用粪水。面对如此困境，郭默畏惧而偷偷出走，只留兵守卫。在京口的郗鉴军听闻作为京口屏障的大业垒被攻打都很惊慌，郗鉴则力排退守广陵的意见。同时陶侃正打算营救大业垒，但长史殷羡认为陶侃的水军不孰悉步战，一旦营救失败就会令讨伐军陷于劣势，反建议陶侃直接攻击石头城，让韩晃等自动退还以援救石头城。陶侃听从并率水军向石头进攻，庾亮、温峤和赵胤亦领一万步兵由白石南上，向苏峻军挑战。苏峻领八千人抵抗，又派儿子苏硕和匡孝进逼赵胤并击败他。苏峻劳军后在醉意间见赵胤撤走，说：;孝能破贼，我更不如邪!”于是留下部众，自领数骑向北突围，但不成功。在回白木陂途中马匹停滞前，被陶侃部将彭世和李千等以矛投掷，于是坠马被杀。苏峻死后讨伐军军心大振，而苏峻军溃散，任让于是立苏逸为主，闭城自守。韩晃则取石头，管商和弘徽攻庱亭垒，但被击败，管商向庾亮投降。
温峤于苏峻死后设立行台，命全国二千石以下故吏到台。
强弩之末
咸和四年(329年)正月，陆晔和尚书左仆射陆玩游说匡术以苑城归附，匡术答应，附侃于是命毛宝和邓岳守城。而右卫将军刘超和侍中锺雅则与建康令管斾等密谋带晋成帝投奔西军，但计谋败露，苏逸于是派任让领兵入宫收捕刘超和锺雅。此时成帝抱着二人哭着说：;还我侍中、右卫!”但任让还是带走并杀害二人。
赵胤在另一方面派甘苗攻击在历阳的祖约，祖约于是乘夜带左右数百人北逃到后赵，而牵腾及后便开城门投降。
二月，讨伐军进攻石头城，建成长史滕含大败苏逸，苏硕则领数百骁勇渡过秦淮河与讨伐军作战，但被温峤所杀。韩晃等打算投奔曲阿的张健，但因门狭而令人们不能冲出，更加变成人踏人，死者上万计。苏逸在战后领一万多人经延陵湖入吴兴，在溧阳被王允之击败被捕，后被杀。滕含部将曹据在攻破石头城后抱成帝上温峤的船，让群臣朝见。同时杀投靠苏峻的西阳王司马羕、彭城王司马雄等人 ，亦杀任让。
在曲阿的张健疑弘徽有貮心，将他杀死，自己亦带领水军到吴兴，并与王允之交战，被击破。张健随后与韩晃、马雄等向故鄣前进，郗鉴于是派参军李闳追击，两军在平陵山相遇，李闳击败并斩杀众人。苏峻之乱至此正式完结。
影响
苏峻及其党众在攻陷建康后大肆破坏宫殿，至宫阙毁坏，乱事结束后以建平园为宫，且物价飞涨 。于是引起迁都的争议，如温峤请求迁都豫章，三吴豪族则请迁会稽。最终由王导以;建康王者之宅”和;宜镇之以静，群情自安”决定不迁都，转而重建建康秩序和安定大乱过后的国家。
庾亮因执意征召苏峻而导致叛乱发生，在平定后引咎自愿出镇，而王导则留在朝中辅政。王、庾两大士族的矛盾因而增加，庾亮及后更曾打算起兵废掉王导，只因郗鉴反对而免却了一场士族斗争而生的动乱。
