明神宗在听到张居正病殁的消息后，曾下诏罢朝数日，并给予张居正最高规格的待遇：赐谥号文忠，赠上柱国衔，荫一子为尚宝司丞，并遣官护丧，归葬江陵。继而神宗亲政，原来对张居正不满的旧党大臣纷纷攻击张居正专横跋扈，张居正尸骨未寒，时局却已急剧逆转了。清算张居正的运动是从铲除冯保开始的。
张居正在世时，冯保与他过从甚密，是后宫炙手可热的实权人物，极为嚣张，也因此结怨甚多。张居正一死，冯保也就失去了靠山。 司礼监太监张诚、张鲸开始拼命在神宗面前说冯保的坏话。无独有偶，山东道御史江东之、 江西道御史李疏弹劾冯保的奏疏也相继出现。神宗于是下旨将冯保革职，发往南京闲住， 并查抄其家产。
宠臣冯保被打倒了，这给了旧党以极大的信心，于是他们纷纷上疏弹劾张居正。一时间，弹劾张居正劣迹的上疏如雪片般飞来，这使得张居正的形象在神宗的心中黯然失色。 张居正总是对神宗说，做皇帝要节俭，但他自己的生活却极其奢侈，不仅积聚了许多珠玉 珍玩、书画名迹，还蓄养了多位绝色佳人。
而皇帝身为九五之尊，却被张居正限制到没有 钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上，等待以后有钱再兑现。想到这一切，神宗不能不 感到伤心，进而感到耻辱，并渐渐地认为以前对于张居正的信任完全是一种错误。万历十 一年（1583年），神宗下诏取消了张居正的封号和文忠公谥号，并斥其子为民。
随之，协助张居正改革的新党官员，如吏部尚书梁梦龙、礼部尚书徐学谟、兵部尚书张学颜、刑部尚书潘季驯、工部尚书曾省吾、蓟镇总兵戚继光、宁远伯李成梁等人被认为 与张居正结党，全被罢官。而早先因反对张居正改革或得罪张居正而遭惩处的旧党官员们， 则被一一平反起复。
为了彻底消除张居正的影响，旧党开始为张居正罗织罪名，有一种说法竟是指责张居正生前有谋反篡位的野心，而总兵戚继光的精锐部队就是政变的后盾。历来，皇帝最怕的 就是谋反两字，神宗随即下令，把张居正的官爵全部撤掉，并查抄其家产。在北京派来的 查抄大员还未到达江陵之时，早已闻讯的荆州府和江陵县的官员已经把张府的大门封了。
等查抄大员到达，打开门一看，发现张家已经有十余口人被活活饿死。张宅被查抄一空, 张居正的长子自杀，次子充军。
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