孙思邈是京兆府华原人。他七岁开始读书，一天内能诵读千余字。十八岁时立志研究医学，二十岁左右，善于谈论庄子、老子以及百家学说，同时喜好佛学经典。开始为乡邻治病。洛州总管独孤信看到他后感叹说“他真是神童，只可惜气度宏大，很难被一般人任用。
北周宣帝时，因为王室争斗，更迭频仍，于是思邈隐居太白山中。
杨坚辅佐北周静帝时， 征聘孙思邈为国子博士，他以患病为借口没有赴任。
孙思邈曾对亲属说“再过五十年，会有圣人出现，我将帮助他救助世人。到了唐太宗李世民登基，征召孙思邈前去京城长安，太宗见他容貌体形非常年轻，感叹说“由此可知有德行之人实在应当敬重，羡门、广成子，这样的人，怎么会是虚假之言呢？
太宗打算授予他官职，他坚决推辞，没有接受。
显庆四年， 唐高宗征召他，任命他为谏议大夫，他又坚决不肯接受。但又不好违背圣意，于是思邈推荐了自己的徒弟刘神威，说徒弟好学，年轻有为，高宗就应允后立即安排刘神威进了太医院。
上元元年，思邈称病请求返归故乡。高宗特意赐予良马与鄱阳公主故居让他居住。当时的名人宋令文、 孟冼、卢照邻等人都按照尊敬老师的礼仪侍奉他。
卢照邻患有无法治愈的疾病，于是询问思邈“名医能够治愈疾患，是什么原因
思邈回答说“我听闻擅长讲解天地四时变化之人，必须参考人体的理论，擅长谈论人的生理病理之人，也必须根据天地运行的规律。天地有春夏秋冬四时，金木水火土五行变化，寒暑更替，循环运行。如果天地之气调和，那么就会降而为雨，天地之气怒则鼓荡成风，天地之气凝结则化为霜雪；天地之气弥漫散布则为彩虹，这是自然界的普遍规律。
人体有四肢五脏，觉醒和睡眠，呼吸吐故纳新，水谷精华往来，循环流动而成为营卫之气，显露于外就成为神采与气色，发扬就成为声音，这是人体的普遍规律。阳气有形可察，阴气为精所化，自然界与人体的规律是一样的。如果阴阳失调，阳气蒸腾那么就产生热症，阴气凝滞就产生寒症，精气郁结则就产生瘿瘤赘肉，气虚下陷就产生痈疽，气逆妄行就出现短气喘息，气血衰竭就出现憔悴枯槁。症候在面部展现，在形体上变化展露，推而广之，用这个规律对自然界进行解释也是一样的。
寒暑无法适应季节，是天地万物变化反常，石立土踊是自然的赘瘤；山崩地裂是自然的痈疽；狂风暴雨是自然的短气喘息；河川干涸断流是自然的憔悴枯槁。
当人们患病时，技艺高超的医师用药物、砭石、针刺来疏导、诊治。当自然界出现反常现象时，圣人以高尚的道德化解，并辅之以人事。所以身体患病可以治愈， 天地有灾可以消除掉。又说：“治病用药要大胆，观症辩病要细心慎重，学识要丰富，行为要端正。
孙思邈自称是隋文帝开皇辛丑年，仁寿元年出生的，到今天已经九十三岁了，依日耳聪眼明，神色面貌精神得很。他的乡邻都说他是几百岁的长寿老人。他谈论起周，齐朝的事情，形象生动，就像亲眼所见一样。
唐代初期，魏征等奉命对齐、梁、陈、周、隋五代历史进行端修、唯感出现遗漏，曾经多次拜访孙思邈。
永淳元年，孙思邈去世。他生前曾经自己注解《老子》《庄子》，编撰的《千金方》三十卷流传于世。另外还撰有《福禄论》三卷、《摄生真录》以及《枕中素书》《会三教论》各一卷。《千金方》是中国历史上第一部临床医学百科全书，被国外学者推崇为“人类之至宝。
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