支干、五行、阴阳等学说，是经过了许多人的归纳总结，才逐步完善起来的。
要回答十二地支最早的作用，就需要了解天干地支的起源。古书记载:夫干犹木之干，强而为阳；支犹木之枝，弱而为阴。昔盘古氏明天地之道，达阴阳之变，为三才首君。以天地即分之后，先有天而后有地，由是气化而人生焉。
故天皇氏一姓十三人，继盘古氏之志，是曰天灵。淡泊，无为而俗自化，始制干支之名。其十干又叫十母，即是现在的天干:甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸；其地支又叫十二子，即现在的十二地支:子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥。
天皇氏、地皇氏、人皇氏的名称与地支有着密切的联系。天开于子，故称天皇氏；地辟于丑，故称地皇氏；人生于寅，故称人皇氏。天皇氏制定了干支以纪年。地皇氏则划分日月是三辰，即划分昼夜，以三十日为一月，并将其与天干地支一一对应。人皇氏则制定了君臣制度和人伦风化，并确定了人与干支的关系。随后，伏羲氏观察天地人的关系，画出了八卦，以通神明，概括万物，又制作历法，创造文字。后来的黄帝授予大挠《河图》，开始观察日月星辰现象，于是又出现了星官之书。黄帝又命大挠进一步考察五行、星宿之运行变化，作甲子以配纳音。《路史》说:“伏羲命潜龙氏卜筮，于是迎日推算刚柔，建造甲子，以命岁时。配天为干，配地为枝。枝干配类，以纲维乎四象。所以情伪相感，而星辰以顺”。
到了黄帝时，他命大挠探求五行之理，考察天书三式，以十干、十二支互相配对，演化而成六十甲子，并取纳音之声而为其定性，即所谓的“甲子乙丑海中金……”之类。后来黄帝的宰相风后解释其中蕴意，并将其用于实际，于是“三命”开始流行下来。这大概就是十天干和十二地支最早的作用吧！有些术士认为，黄帝依据《河图》定天干十字，又依据《洛书》确定地支十二，战国时鬼谷子将干支算为纳音，西汉东方朔又以纳音解象，这些都是不对的。
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