从文化角度看，蚩尤可以说是华夏始祖。但是从基因角度看，蚩尤基本上没什么后代。
中国人的三大超级祖先，时间早在一万多年前现在比较流行测染色体基因，其中有个说法叫做“三大簇”，就是中国男性Y染色体里有三大超级祖先。这三个超级祖先的后代，占了中国人的四成以上。
也因为如此，很多人将“三大簇”和三个超级祖先附会为黄帝、炎帝和蚩尤。但是很不幸，不仅蚩尤和“三大簇”对应不上，黄帝和炎帝也不能等同于三大超级祖先之一。关键原因就是，黄帝、炎帝和蚩尤的时间太晚了，他们最多不过是三大簇中分支的“超级祖先”。
所谓的三大超级祖先，分别是Y染色体单倍群O-M117、O-F444和O-002611，为O2a下面的三大分支，据称全国有三亿多男性属于这三大超级祖先的后代，又被称为Oα、Oβ和Oγ。其中M117的数量最多，占到了中国男性人口的16%。
但不幸的是，O-M117（Oα）出现的时间太早了，足足有14000年前，和O-F444基本同时出现。O-002611的时间也很长，差不多也是13000-14000年前，但和O-M117和O-F444相隔了五个分支点以上。
如果还原历史时期的话，就是说，在两万多年前的冰河时代晚期，大量人类死亡。当时O2系男性仅存活了几个幸存者，又经过一万年时间才繁衍出三大簇的三个超级祖先，以及几个人口较少的分支祖先（比如笔者的祖先O2b1-F827）。然后又经过六七千年的瓶颈期，三大超级祖先才开始爆发式繁衍。
中国人的三大超级祖先，无法完全和炎帝、黄帝、蚩尤对应一般来说，O-M134被认为和仰韶文化（5000-7000年前）相关，O-M134下游的一个支系O-F8又占了绝大多数（全国男性15.7%），超过一亿男性人口。所以，有人又将O-F8附会为炎帝。但是，F8的时间可能还是太早。因为F8的下游还包括藏缅语族的主要成分，藏族、彝族、缅甸族都属于这个大簇。
另外的O-F444（Oβ）和O-002611（Oγ），分别被认为与磁山文化（河北）、大汶口文化（或是泛指的海岱文化，山东和江苏一带）有关。O-F444的基因，在龙山文化中非常普遍，因此有人又把F444附会为黄帝。
一般来说，炎黄时代被认为是仰韶文化后期（包括庙底沟一期文化）到龙山文化早期（包括庙底沟二期文化）之间，倒是可以对应三大簇爆发的时间。但是无论如何，炎帝、黄帝和蚩尤，只能认为是Oα和Oβ下面的分支的后代，自己并非三大簇祖先。
炎黄可能是三大簇之下某分支的超级祖先，蚩尤只可能属于竞争失败的分支
其中蚩尤成为超级祖先的可能性很低。根据神话传说，炎帝和黄帝都有数量众多的后代，可以以Oα和Oβ众多分支作为印证。但是，蚩尤在神话中的出场时间极短，最多只有几十年的辉煌，这种条件是不可能让子孙开枝散叶的，最多只能作为某个人口较少的细小分支祖先。
从文化角度来看，蚩尤作为兵祖，对后世影响很大，并被一些少数民族尊为祖先。这可以说是一种文化传承现象。
但是从考古和基因学角度看，蚩尤更像是属于Oα和Oβ下面一个竞争比较失败的分支，在竞争中输给了同属于Oα和Oβ下面的炎帝、黄帝所在分支。至于Oγ，一般认为属于在炎黄时代后才与华夏融合的东夷民族，但也可能是相反（即黄帝原本是东夷Oγ），因为作为东夷的大汶口文化，恰恰是龙山文化的主要前身。
另一方面，新石器文化时代包括了龙山文化、良渚文化、大汶口文化、石家河文化等，华夏文化的开端远比神话传说记录的更复杂。这也从基因角度可以作为证明，在四五千年前，中国古代文明的来源是非常多元化的，三大簇不过是其中之三而已。（陶慕剑）
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