清军入关以来，南明弘光朝廷控制了黄河下游以南至武昌长江以南的国土，比较清廷其物资、财富、人口竟然更为雄厚，明通知中原大地数百年，优势远远高于满清政府。当时的淮河以南是人口最密集、经济发展最富裕的土地，相对北方的战乱纷飞，江南地区尚且可以偏安一方。南明在江北一共设有四镇军队到达三十万兵力，而武昌的宁甫侯左良玉手上则掌握了二十万兵力，五十万人，为什么会被清朝灭国?
当时，大顺军正好西撤，满清军队也在畿辅地区休整，山东、河南两省是官绅、土贼林立的重力地区，群龙无首的观望期，本来是弘光朝廷最好的机会，但满朝文武毫无进取之心，政府在在军事上毫无作为，一阵颓废。南明是依靠笼络藩镇建立起来的朝廷，耗尽国立构筑的五十万兵力，几乎全数投降，藩镇的财力、武力被朝廷拱手让给满清。清军第一次下江南攻伐南明，明朝士兵投降二十三万八千三百名，已经超过了清兵南侵的多铎、阿济格两支部队的总和。
重用无耻小人，是南明弘光朝廷失败的根本原因。
南明弘光朝廷听信小人的谗言，发布了“借虏平寇”，与清政府一同讨伐李自成，这难道不就是与虎谋皮吗。在颁布“借虏平寇”法令后，没过几天，又颁布了一项新的重要法令，新法令下令停止筑城、修筑军事工事等过重的劳役，使老百姓可以“专勤南亩，以重本务”。
新法令还说：“在社会上‘满汉之人，均属一体’，凡审判罪犯，承担“差徭公务”等，不得差别对待。”换句话说就，提倡把当时入侵关内的满清民族看做自己人，这些政策起到了非常重要的作用——给清朝后来统治江南打下了坚实的基础，由前朝给作为敌人的后朝颁布有利于后朝通知的政令，这种事情真是闻所未闻吧。
努尔哈赤进关后，仍然实行着旗人主政的制度，国家行政机构十分简陋，职能重叠，多个官员管理一处。但在汉人的“帮助”下，努尔哈赤才完成中央政府制度的改革，逐步建立起了一套完整的国家行政机构。1631年设立了吏、户、礼、兵、刑、工六部，1636年四月，皇太极称帝，进入大清正统崇德年。
交通不便信息闭塞的南明一直认为，吴三桂是请清军来平叛闯王李自成的起义军，但清军绝不只限于偏安一方，他们要夺取大明的整个江山，实现边境少数民族入主中原的夙愿。面对这么好的机会，南明想要和他们同盟，清军当然是第一时间撕毁合约。内部混乱的党争金额激烈的内耗，产生了许多致命的问题，满清政府自然也有了更多的机会。
南明弘光朝廷自建立后，就延续明末的内斗和党派争斗，朝廷内部派别林立，更是出现了帮助建立南明的乡绅之间站队不同政治派别的行为。内耗最终的后果，就是皇帝实权旁落，迟迟不能固定君主。各个党派都想要抢开创新朝廷的功劳，都拼命拥护对自己有利的宗室人选，也完全不顾候选人的能力，是不是能够处理乱世的危机局面。而即便是有能力的隆武皇帝，也因受内部掣肘，常常不能发挥出自己的实力，治理好国家。
本来在北方就有最大的敌人，南明还给自己增加内部的敌人，权力分割严重，朝廷党争也让军队势力增长，但将领都是一些蠢材，飞扬跋扈但指挥能力低下，面对农民起义军的争斗都会被打得全军溃逃，而一部分被招安的地方势力，因不满官场的潜质，还有缺少银两粮饷的待遇，后来在清军南下之时即使有压倒性的兵力，也是不战而降。
1673年，三藩之乱爆发，郑经西征福建，郑克臧监国，随后清军平定东南沿海，郑家势力退守厦门。1661年，郑成功带领两万五千名士兵横跨海峡，而此时“缅王以饮咒水盟誓为名，杀害了永历朝四十二名大臣和太监;十二月初三，缅王受到于压力，将永历帝及家属送交清军带回昆明”，1662年，占据台湾的荷兰军队投降，郑成功收复台湾。1664年，在大陆的夔东十三家抗清运动失败，李来亨全家自焚，明朝在大陆的抵抗结束，只剩下台湾的郑式成为明朝的最后一股势力。
