建文帝朱允炆的下落在历史上一直是个谜，根据史籍上的记载朱允炆最后下落不明，朱棣还动用了不少力量寻找朱允炆，但都无果。民间有一种说法，称朱允炆其实并没有死，而且还活到了100多岁，因为朱允炆选择剃度出家，所以才没有被朱棣找到。不过这种说法还是缺少直接证据，而且朱棣人不傻，不可能不搜寻寺庙这种地方，对于朱允炆来说想要找到一处安稳之地，可以说异常困难。
1、朱允炆下落之谜
明史中多处记载建文帝朱允炆下落不明，这说明，朱棣觉得朱允炆没死，而且还隐隐对他有威胁。如果建文帝没死，但朱棣安心了，那么史书上，建文帝的记录肯定是死了；如果朱棣不安心，即使建文帝真的死了，那么史书上也会留下蛛丝马迹。因此，建文帝之所以“下落不明”，主要是朱棣觉得他下落不明。
《胡濙传》中明确记载了，胡濙在朱棣的授意下前后两次全国访查，多达10多年，巡查的过程中顺带了解了民生疾苦，向朝廷报告。明史中还记载，郑和下西洋或许也是为了寻找建文帝。于是，在野史传说中，才出现了建文帝到江西某地做了和尚，朱棣死后几十年，快死了才向后人公开身份；建文帝到福建某地巡游，逍遥快活，等等记录。
但胡濙寻找建文帝的事应该是真的，因为胡濙并没有别的功劳，却在访查回来，便步步高升，任礼部尚书、户部尚书等，直到89岁高龄，病死。那么，胡濙的访查是否有结果呢？有的，永乐二十一年，朱棣正在征服蒙古回军的路上，胡濙匆忙到达宣府，请见朱棣。朱棣本已经睡下，却还是接见了胡濙，两人谈论到四更。此后，胡濙就没有再出去过了。
这段记载说明这样几个信息，其一，胡濙觉得这件事很重要，所以才连夜到宣府汇报；其二，朱棣也觉得这件事很重要，因为他连夜接见了胡濙；这两点从侧面应证了胡濙寻访是为了查找建文帝。真正的建文帝，或许早已死在南京，只不过，是朱棣篡位，内心不安而已。
2、各种假说
①纵火自焚
《明太宗实录》中记载：上望见宫中烟起，急遣中使往救。至已不及。…… 壬申，备礼葬建文君。遣官致祭，辍朝三日。”
这里的“上”代指朱棣，这句话的意思是说：在朱棣入城之前，朱允炆已经在宫中纵火自焚。这种说法带有很强的主观色彩，很多人认为这显然是朱棣编造出来的，目的无非是告诉天下人建文帝已死，自己继承大统名正言顺。
②流亡海外
这种说法流传甚广，据《明史郑和传》记载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之。”朱棣一直疑心朱允炆逃亡海外，有人甚至认为郑和数下西洋的目的并非只是单纯的促进贸易和宣扬国威，主要还是借机找寻有关朱允炆的蛛丝马迹。不过这种说法可信度不高，应该是后人杜撰而来。
③落发为僧
这是最被人们所接受的一种说法，认为早在南京城破之前，建文帝朱允炆便已经从秘密通道出城，最后在南方一座深山寺庙里落发为僧，直到去世。
说来也巧，2008年的时候，在福建宁德金涵乡上金贝村还真发现了一座明代僧侣墓，该墓不仅精致奢华，而且在结构和格局上还颇具皇家气派。最重要的是，墓中出土了一尊舍利塔，莲花基座造型与安徽凤阳明皇陵出土的无异。
随后，工作人员又在附近的华严寺找到一件云锦袈裟，经鉴定为明永乐之前制作，袈裟上面的图腾是十八只五爪金龙，均为闭嘴龙，这是明初皇家龙的专属造型。皇家造型的舍利塔和袈裟，再加上广泛流传的朱允炆落发为僧说，二者一经结合，立刻引起了人们的极大关注，那这里埋葬的究竟是不是建文帝朱允炆呢？
但最后证明上金贝古墓是个乌龙事件，此墓埋葬的并非是建文帝朱允炆，而是元末明初一位法号叫做沧海珠的禅师。
3、朱允炆被反的直接原因
太子朱标死后，老朱让朱标的儿子当太子，其中的一个原因就是朱允炆仁孝。但是老朱给小小朱生了太多的叔叔，这些叔叔手握重权。老朱从小受苦，他就不想让子孙受苦。于是亲王岁禄万石，护卫三千到过万，像朱棣这种猛人带着800人就闯出燕王府走上靖难的道路。
朱允炆对待百官是很仁慈，可是面对他那些有实权叔叔们却表现的心狠手辣的一面。对皇帝来说削弱藩王的实力增强中央集权是无可厚非的，朱允炆登基后立刻进行削藩，只是战略太粗糙了。朱允炆听信了大臣们的建议，激烈的进行削藩，某些叔叔就是被朱允炆的削藩给逼死了，这就很不好了，你可以削藩，但应该慢慢来，而不是一次削到底。
朱允炆继位不到一年时间，把周王、岷王、湘王、齐王、代王先后废掉。势力最大的朱棣这时候已经感到了那把明晃晃的屠刀已经架到脖子上了，果然朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平(今北京)，另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强对燕王防范措施。朱棣这时候假称有病，暗中则加紧练兵。他还利用燕府崇深之便，赶制军器。
