朝末年，能让大明朝崩溃的李自成，为何在打下北京后，却在清军与吴三桂军队的联合进攻下迅速失败，李自成自己也死于逃亡途中。是什么原因导致李自成的大顺军如此迅速溃败的呢?
有人认为，是大顺军进入北京后军心涣散，军纪败坏，导致了他们的迅速溃败。但是，李自成大顺军能够迅速扩大，并能得到百姓拥护，其根本原因是军纪严明，早在起义之初，李自成就提出了 “剿兵安民”的口号。并且提出“杀一人者如杀我父，淫一女者如淫我母”，严肃军纪，并且下令“三年不征，一民不杀”。
大顺军在入京之初，便迅速地稳定了局势，恢复了北京居民的正常生活秩序。赵士锦在大顺军进城时，是明工部官员，他根据亲眼目睹记载说，大顺军进城之后，鉴于官军停止了抵抗，立即就“不杀人了”。义军战士“俱白帽青衣，御甲负箭，衔枚贯走。”百姓“有行走者，避于道旁，亦不相诘”，丝毫不加侵犯。为了防止敌对活动，义军“添设门兵，禁人出入;放马兵入城，街坊衚衕无不至者，但不抄掠。”在数以万计的入城大军中，个别违反纪律的现象自所难免，但一当发现违纪事件时，能秉公执法，迅速处理。赵士锦就记载说：“贼初入城，有兵二人抢前门铺中绸缎，即磔杀之，以手足钉于前门左栅栏上，予目击之。”当时在北京充当明给事中涂必泓记室的徐应芬(署名聋道人)，在其著作中虽然提到个别大顺军战士，有贪图便宜暗中窃取银钱的现象，但他仍然不得不承认：“至淫、夺、斩、杀之事，则犹未见也。”
由于大顺军在加强对京师的控制的同时，又注意约束军纪，因此，当时北京的社会秩序是良好的。当然，李自成大顺军的高层的确存在着腐化堕落的现象，但部队的战斗力大多由普通士兵决定，因此也很难说是高层的腐化导致全军的溃败。
是因为大顺军的军饷得不到保障，而军心不稳吗?李自成大军在北京通过肃贪追赃，搞到了七千万两银子，相当于明朝的十年税收，这笔军饷足可支撑他庞大的军队。
既然不是军纪涣散导致的溃败，那么，是什么原因导致了号称百万雄兵，又有着雄厚财力保障的大顺军在进京四十天后，突然间失去了战斗力，在清军的攻击下，一触即溃，兵败如山倒，而且从此一蹶不振?
仔细研究，或许能得出一个惊人的结论，原来李自成并非败于满清和吴三桂，而是败于当时肆虐横行的鼠疫!
鼠疫，是鼠疫杆菌借鼠蚤传播为主的烈性传染病，系广泛流行于野生啮齿动物间的一种自然疫源性疾病，也叫做黑死病。临床上表现为发热严重毒血症，症状淋巴结肿大、肺炎、出血倾向等。本病远在二千年前即有记载。世界上曾发生三次大流行，第一次发生在公元六世纪，从地中海地区传入欧洲，死亡近一亿人;第二次发生在十四世纪，波及欧、亚、非;第三次是十八世纪，传播三十二个国家。十四世纪大流行时，波及我国。
按照北京周边的大兴县志记载，李自成进京前，北京出现了大量死耗子，随后，军民发病，高烧、四肢无力、脖子肿大，而且患病者十死七八。这是什么病?按现代医学对照病症一看，这原来是可怕的鼠疫，大头瘟或疙疽所描述的其实就是腺鼠疫的典型特征———淋巴肿大。鼠疫于崇祯十六年秋出现，崇祯十七年(公元1644年)春天，天气转暖，跳蚤、老鼠开始趋向活跃，大规模的鼠疫自然爆发，鼠疫先“消灭”了崇祯的御林军，让李自成轻松进京。然后，鼠疫又感染了进入北京城的李自成大军，大顺军自然战斗力大减，当然打不过清兵。最可怕的是，败兵因此成了鼠疫传染源，据文献记载“贼过处皆大疫”。因此，李自成虽然此时财雄天下，可以大规模招兵买马，但新兵入伍即染鼠疫，失去战斗力，兵力再多也没用，始终无法抵挡满清的虎狼之师。由于军人是集体生活，所以，鼠疫流行对古代军人的打击是毁灭性的。鼠疫蔓延军营，且长时间无法摆脱，李自成的精神遭受毁灭性打击，因此痛失江山并一蹶不振，“无可奈何花落去”。以当时的科技水平，无论是崇祯或是李自成都不可能了解这种可怕传染病，都不知道自己的精锐部队已经在短时间内失去了战斗力。他们的失败不可避免。
也许有人会问，清军就不会被鼠疫传染吗?科学研究发现，鼠疫传播过程有一个必不可少的传播中介—跳蚤。由跳蚤吸咬病鼠或病人的血后，跳蚤被鼠疫杆菌感染而发病。发病的跳蚤吸血困难而十分饥饿。病跳蚤因而不断叮咬人与鼠，并反吐被鼠疫杆菌污染的血。导致更多人、鼠被感染鼠疫。但是，奇怪的是，跳蚤有一个奇怪的习性：它讨厌马的味道。在现代传染病研究的文献中可以发现，鼠蚤的寄生对象没有马。所以，骑兵很少会被传染。而清军八旗兵几乎全是骑兵。所以，清兵能够在鼠疫流行中幸存，以饱满精神攻击对手。由此可见，李自成败于鼠疫。
