宫刑，也叫腐刑，是古代一种破坏生殖的残酷肉刑。郑玄给《周礼·秋官·司刑》作注说：“丈夫则割其势，女子闭于宫中。”关于宫刑的记载最早见于《尚书·吕刑》。《尚书正义》说：“妇人幽闭，闭于宫，使不得出也。……隋开皇之初始除男子宫刑，妇人犹闭于宫。”(《十三经注疏·尚书正义卷十九》宫刑集对肉体的摧残与精神的侮辱于一身，对被施与者的伤害是巨大的。
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汉武帝天汉二年(公元前99年)，汉军三路出击匈奴，其中李广的孙子李陵率领的五千步兵不幸被匈奴八万精锐骑兵包围。尽管汉军“所杀过当”，但终因寡不敌众，最后全军覆没，李陵被俘投降。司马迁当时担任太史令一职，因看不惯同僚们落井下石的龌龊行为，忍不住替李陵辩解了几句，本意是想“推言陵功，欲以广主上之意，塞睚眦之辞”(司马迁：《报任安书》)。没想到汉武帝一腔怒气正无处发泄，于是迁怒于人，认为司马迁，欲“沮贰师，而为李陵游说，遂下于理”(《报任安书》)。司马迁是我国古代伟大的思想家和历史学家，家族几代都为士大夫，深受儒家思想熏陶。他自己生活在“君明臣贤”的西汉鼎盛时期，很受汉武帝信任，却不料遭此惨祸。肉体上的摧残和精神上的羞辱使司马迁蒙受了奇耻大辱。他说：“太上不辱先，其次不辱身，……最下腐刑，极矣。”“仆以口语遇遭此祸，重为乡党戮笑，汙辱先人，亦何面目复上父母之丘墓乎?虽累百世，垢弥甚耳!是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知所如往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也。身直为闺阁之臣，宁得自引深臧于岩穴邪!故且从俗浮湛，与时俯仰，以通其狂惑。”(《报任安书》)腐刑使司马迁悲痛欲绝，一度几近癫狂。
司马迁是当时颇有名气的学者，官居太史令，而且深得汉武帝的信任，为什么会因几句公道话而遭此惨祸呢?我们不妨把李陵事件与封建集权制性质、时代特质以及汉武帝本身的性格特征结合起来考察，就不难找出真正原因。
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汉武帝时代是一个大一统意识强烈的时代，也是一个渴望建功立业的时代。文景以来的西汉盛世赋予了汉武帝张扬自大的个性特征——敢作敢为又喜怒无常，“顺我者昌，逆我者亡”，这是其一。其二，西汉与匈奴关系是当时一个极为敏感的话题，李陵的投降使好大喜功的汉武帝大失脸面。其三，汉武帝时期“罢黜百家，独尊儒术”，儒家的“三纲五常”理论已经建立起来，仁义礼智信是衡量士大夫大是大非的重要标准。儒家的仁义观要求士大夫“有杀身以成仁，无求生以害仁”(《论语·卫灵公》)。李陵投降无论就国家利益来说还是儒家礼义来说，都是与之相悖的，所以汉武帝盛怒之下迁怒于他是必然的。可以这么说，司马迁受宫刑一是因为汉武帝喜怒无常的性格，二是司马迁自己政治观的落后和性格的迂阔。整部《史记》中反映司马迁政治观落后和性格迂阔的事例是很多的。比如，司马迁非常反对“均输平准”的措施，认为是制约了经济的良性发展。如果单就经济发展的共性而言，这并没有问题;但他却没有(或者不愿)看到汉武帝时期社会的特殊性。
当时汉朝处于与匈奴斗争的关键时期，而讨伐匈奴的成败对西汉帝国的整个发展都将产生重大影响，所以实施“均输平准”、集中全国之财力物力的举措是必要的。
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这正如世界现代史上苏联的战时共产主义政策所起的积极作用。而司马迁看不到(或者忽视了)这种积极作用，以共性来否定个性，这是极不恰当的。再比如，司马迁对汉武帝“独尊儒术”的举措是极力否定的。在司马迁眼里汉儒太“俗”。其实汉代“俗儒”乃以经世致用为主要特征。其虽俗，却迎合了社会发展的需求，适应了社会进步的潮流。这与先秦“醇儒”的迂阔不经是不可同日而语的。又比如，司马迁强烈谴责汉代“酷吏”。从当时的政治形势来看，汉武帝重用“酷吏”，正是打击豪强，消除动乱隐患、巩固大一统局面的积极表现，从总体上或主流上看，是值得肯定的。可是司马迁却对这些积极措施带来的负面影响耿耿于怀，抓住一点，不及其余;看不到由于时势变化而“攻守之势异矣”的客观事实，拿落后的、保守的政治眼光来评判进步的社会特征。这是他所以遭致宫刑的主要原因，也是其悲剧性之所在。许多《史记》研究者在分析司马迁受宫刑的原因时，过分强调他与汉武帝的思想对立性，而忽视了应该从广阔的社会背景和历史环境中寻找原因，以至于得出了并不准确的结论。
