这是自古有争议的话题，事实已经很难确定了。
《史记》中记载秦国丞相吕不韦本为河南濮阳的巨富，是远近闻名的大商人。但他不满足这种拥有万贯家私的地位和生活，野心勃勃，对王权垂涎三尺。
于是，吕不韦打点行装，到了赵国的国都邯郸，精心策划一个大阴谋，将正在赵国当人质的秦王的孙子异人，想法过继给正受宠幸的华阳夫人，转瞬之间，异人被立为嫡嗣，更名为子楚。
不久，国事生变。秦昭王、孝文王相继去世，子楚堂而皇之地登上王位，吕不韦被封为丞相。之后，吕不韦将自己的爱姬赵姬献给子楚，生下嬴政，被封为皇后，不料子楚仅在位三年就死掉了，于是他的儿子嬴政就顺理成章地继承了王位，这就是后来的秦始皇。
吕不韦认为嬴政是自己的亲生儿子，让嬴政喊自己为“仲父”，自己则掌管全国政事，成为一人之下、万人之上、权倾朝野、一手遮天的大人物，吕不韦在邯郸的秘计实现了。
认定吕不韦和秦始皇有父子关系的说法，其原因是：
其一，这样可以说明秦始皇不是秦王室的嫡传，反对秦始皇的人就找到了很好的造反理由。
其二，是吕不韦采取的一种战胜长信侯的政治斗争的策略，企图以父子亲情，取得秦始皇的支持，增强自己的斗争力量。
其三，解秦灭六国之恨。“六国”之人吕不韦不动一兵一卒，运用计谋，将自己的儿子推上秦国的王位，夺其江山，因此，灭国之愤就可消除。
其四，汉代以后的资料多认为嬴政是吕不韦之子，这为汉取代秦寻求历史依据，他们的逻辑是，秦王内宫如此污秽，如何治理好一个国家，因此秦亡甚速是很自然的。
后世人也有认为上述传说并不能成立的。
其一，从子楚方面看，既使有吕不韦的阴谋，但其实现的可能性也很渺茫。
因为秦昭王在位时，未必一定将王位传于子楚，更不能设想到子楚未来的儿子身上。
其二，从秦始皇的出生日期考虑，假若赵姬在进宫前已经怀孕，秦始皇一定会不及期而生，子楚对此不会不知道。可见，秦始皇的生父应该是子楚，而非吕不韦。
其三，从赵姬的出身看，也大有文章。
《史记·秦始皇本纪》记载，秦灭赵之后，秦王亲临邯郸，把同秦王母家有仇怨的，尽行坑杀。既然赵姬出身豪门，她怎么能先做吕不韦之姬妾，再被献做异人之妻呢?这样，就不会存在赵姬肚子里怀上吕不韦的孩子再嫁到异人那里的故事了。
身世之谜也只有留于后人去推测了，而“奇货可居”这个成语却由此流传于世。
在秦庄襄王时期和秦王政的前几年，吕不韦抱着“欲以并天下”的心愿，为秦的统一事业做出了贡献，但是随着秦王政年龄的增长，即将亲政,吕不韦意识到要发生相权和王权的矛盾，便从多方面做了应付的准备，终于在公元前238年（秦王政9年）秦王政举行加冠礼时，发生了武装叛乱。
秦王政在追查这一事件的过程中，发现与吕不韦有牵连，罢免了吕的相国职务，下令将其迁往蜀地。吕不韦看到大势已去，自杀身亡。
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